В XIII–XVII веках, в эпоху феодальной раздробленности Грузии, храмовое и фортификационное строительство в Абхазии резко сокращается. Государство уже не в состоянии строить крупные сооружения. Феодалы ограничиваются теперь строительством небольших замков и церквей. Таковы, например, княжеский дворец в Лыхнах, Акапский храм (село Одиши), крепость Сатанджо и башня Оцарце (в селе Чубурисхинджи).
В ущельях и труднодоступных местах феодалы и местное духовенство возводили укрепления в пещерах. Такие укрепления были построены в среднем течении реки Келасури, в устье реки Мчишта и др.
В XVI веке в Абхазии обосновались турки. Они восстановили Сухумскую крепость и разместили там свой гарнизон. На границах Абхазии и Мингрелии в устье реки Ингури они основали крепость Анаклию. Абхазцы, жившие в предгорной и горной зонах, чтобы противостоять турецкому вторжению, в свою очередь возвели крепостные сооружения в горных ущельях (например, в ущельях Лата, Дала и Псху).
Период господства турок в Абхазии отмечен упадком культуры и экономики. Цветущие города пришли в запустение. Замечательные произведения архитектуры, созданные предшествующими поколениями, разрушались, многие ценности были вывезены. На месте великолепных храмовых сооружений кое-где возникли деревянные мечети, не представляющие интереса в архитектурном отношении.
Абхазский народ вместе с братским грузинским народом на протяжении нескольких столетий героически боролся за освобождение края от турецкого господства. Он добился этого в 1810 году при помощи русского оружия.
После добровольного присоединения Абхазии к России в местах расположения русских войск — Сухуми, Бомборах, Цебельде, Гагре, Клыче — начали сооружаться военные укрепления.
Царское правительство и духовенство насаждали христианскую религию, чтобы закабалить население края. В этот период оживилось строительство церквей, монастырей. Почти во всех населенных пунктах создавались небольшие каменные или деревянные церкви очень примитивной архитектуры. В 70-х годах XIX века началось строительство Ново-Афонского монастыря. Монахи по своему усмотрению перестраивали древние храмы, мало заботясь о национальном стиле и архитектурных пропорциях?
В конце XIX — начале XX века, в период развития капитализма, ускорился рост городов.
В Сухуми, ставшем к тому времени портом, сооружаются административные и жилые здания, гостиницы; некоторые из них связаны с именами выдающихся деятелей русской, грузинской и западноевропейской культуры. В начале XX века в Сухуми, Гаграх и Гульрипше строятся курорты.