В те далекие времена территорию университета окружали высокие каменные стены. Здания украшали многочисленные башни, орнаментированные балюстрады. Крыши были черепичные. В распоряжении студентов имелись три большие библиотеки — Центр святого Закона — с богатым собранием рукописей.
В эпоху правления династии Палов, с VIII по XII век, значение Наланды, ее слава еще более возросли. По ее образу и подобию создавались новые буддииские университеты. В 747 году из ворот махавихары в Наланде вышел человек, путь которого лежал на север, в Тибет. Там он стал самым ревностным проповедником буддизма, одним из наиболее известных святых буддийского пантеона, звали его Гуру Падмасамбхава.
В начале X века университет в Наланде сильно пострадал от пожара, но вскоре был частично перестроен и за его стенами вновь закипела жизнь.
Трудно сказать, когда начался период упадка Наланды. Видимо, он был связан с уходом буддизма из Индии. Со временем ранний буддизм исчерпал себя, а пришедший ему на смену поздний буддизм не сумел завоевать популярность. Брахманы, стремясь укрепить пошатнувшиеся с появлением буддизма устои индуизма, объявили Будду девятым воплощением на Земле индуистского бога Вишну. И самый тяжелый удар Наланде был нанесен мусульманскими завоевателями. Разрушили махавихару и другие буддийские университеты-монастыри, предали огню их бесценные библиотеки, истребили студентов-монахов войска Бахтияра Хилджи. Случилось это в период с 1197 по 1203 год. Университеты, окруженные высокими каменными стенами, завоеватели принимали за крепости и беспощадно уничтожали вместе с обитателями. Жестокий гнев поклонников ислама обрушивался на чуждые им святыни. Случайно оставшиеся в живых образованные люди вынуждены были искать убежище за пределами страны или «кануть в Лету», выдавая себя за неграмотных крестьян из соседних деревень.
Безжалостная история поглотила память о махавихаре в Наланде и многие века хранила ее в полном забвении. Только в середине XIX века английские историки-исследователи смогли установить ее местонахождение. Раскопки были начаты в 1915 году. И в наши дни археологи ведут работы в Наланде. Это их усилиями вырваны из мрака забвения, освобождены от толщи земли сохранившиеся первые этажи корпусов и храмов, а причудливый, поросший кустарником холм вновь превратился в пирамиду главного храма. Археологические изыскания показали, что во время перестроек остатки прежних сооружений не уничтожались, а на них возводили новые, более высокие. Порой в развалинах обнаруживают до девяти слоев остатков сооружений различных периодов. Это позволяет специалистам определить последовательность некогда проводимых здесь работ. Под верхним слоем кирпичной кладки главного храма прекрасно сохранился пятый по счету вариант перестройки. К сожалению, эта более древняя часть утратила свою прочность, и археологи решили снова накрыть ее более поздней кладкой. Пятая перестройка проводилась в VI веке. Храм имеет квадратную форму в плане. На его верхней площадке сохранились следы святилища, где когда-то стояла огромная статуя Будды. Трудно представить, что тут были лестницы и башни, ниши которых украшали фигуры бодхисаттв. Зато можно вдоволь полюбоваться и даже потрогать руками барельефы и выбитые на них цитаты из священных текстов, которые украшают маленькие ступы VI века, расположенные у основания главного храма.