Сомнительные торговые приемы Нидерландской Ост-Индской компании, а позднее политические притязания Голландии на власть в индонезийском регионе, безусловно, оказали свое губительное воздействие на дальнейшее развитие Бали, хотя остров благодаря опасным морским течениям вначале был достаточно защищен от военных акций голландцев.
Первый голландский экспедиционный корпус высадился в 1846 году на севере Бали и установил там административную власть Голландии. Предлогом для этого послужило ограбление потерпевшего крушение судна, что, согласно существовавшим тогда правовым положениям, касающимся спасения судов, терпящих бедствие у берега, и использования их грузов, было достаточно распространенным явлением и не каралось законом.
Аналогичное происшествие привело спустя полвека, в 1906 году, к одному из самых трагических событий в повой истории Бали — присоединению всего острова к голландской колониальной империи.
В мае 1904 года маленький китайский парусник потерпел крушение и был разбит о скалы, причем никому из команды не удалось спастись. Часть груза была прибита к берегу и подобрана местным населением. Владелец судна, китаец, проживавший на Борнео, обратившись к голландцам, обвинил балийцев в ограблении, что само по себе в те времена все еще не являлось кодифицированным преступлением. Прежде всего китаец заявил о пропаже ящика, в котором находилось 2000 серебряных долларов. Балийцы клялись, что не находили никаких денег, но предложение балийского раджи княжества Бадунг, у берегов владений которого затонуло судно, провести расследование происшествия в судебном порядке и на основании этого принять решение было отклонено. Более того, голландцы блокировали южное побережье Бали и объявили войну радже Бадунга.
Осенью из яванского порта Сурабая была отправлена на Бали вторая карательная экспедиция, состоявшая из нескольких тысяч голландских солдат. С военных кораблей они обстреляли огнем тяжелой артиллерии беззащитные, густонаселенные села южного побережья острова. Затем голландские войска высадились на берег, и вооруженные копьями балийцы не смогли оказать им серьезного сопротивления. Когда голландский экспедиционный корпус подступил к дворцу раджи Бадунга, женщины стали бросать в солдат золотые монеты с криками: «Вот то, за чем вы пришли!»
Тем временем раджа приказал поджечь дворец и вместе со своей семьей, священнослужителями, военачальниками и воинами в праздничных одеждах вышел навстречу голландским солдатам на смертельный бой. Прозвучал выстрел, послуживший сигналом, после чего балийцы пошли прямо на голландские ружья. К добровольному концу («путутан») раджа и те, кто был с ним, подготовили себя с помощью медитации — сосредоточенного размышления и молитв. Балийцы безропотно падали сотнями, в одних попадали пули, другие падали на собственные кинжалы, священники наносили смертельные удары женщинам, детям, тяжелораненым, росли горы трупов. Ужас охватил голландских солдат. То, что они видели, казалось невероятным.