28 марта 2014 г. при Свято-Пантелеимоновском монастыре открылся музей, посвященный 1000-летнему наследию русского монашества на Святой Горе. В музее собрана богатейшая коллекция экспонатов: древние рукописи, редкие книги, богослужебные облачения, церковная утварь, иконы, картины, статуэтки, механизмы, инструменты, предметы быта, фотографии, связанные с историей и наследием Афона. На территории музея представлены как экспонаты эпохи античности, так и времен византийской империи и турецкого владычества. В музее собрана вся история и многовековое наследие Афона, потому теперь можно ознакомиться с историей каждого монастыря или скита в одном месте. Культурная программа, экскурсии и ознакомление с экспонатами и историей Афона, которые организуют специалисты монастырского музея, совмещены с приобщением к величайшим святыням русского Афона, его многочисленным целебным мощам святых и чудотворным иконам, совершением поклонения им, участием в богослужении и многим другим.
В 2000-е гг. состоялась целая серия представительных научных конференций, посвященных истории и духовному наследию русских обителей Святой Горы. Так, в октябре 2006 г. в Москве, по благословению Святейшего Патриарха Алексия II, прошла Международная научно-богословская конференция «Россия — Афон: тысячелетие духовного единства», посвященная 450-летию преставления преп. Максима Грека и 10-летию обретения его мощей. В 2011 г. в Москве состоялась международная конференция «Русский Афон как фактор духовного просвещения России: к 1000-летию русского присутствия на Святой Горе (1016–2016)», на которой духовник братии Свято-Пантелеимоновского монастыря иеромонах Макарий (Макиенко) прочитал доклад, касающийся исторических событий русских обителей на Афоне и подвижников, подвизавшихся в них. Именно по инициативе и при непосредственном участии о. Макария в монастыре св. вмч. Пантелеймона началась работа по изучению и опубликованию литературного богатства, собранного в книгохранилищах обители. По свидетельству духовника Руссика, эта многообещающая работа должна не только открыть новые страницы в истории Афона, но также стать живым руководством для современных христиан, особенно для тех, кто занимается внутренней духовной жизнью. В июне 2011 г. — 2013 гг. серию ежегодных конференций, посвященных духовному наследию Афона, провели российские фонды св. ап. Андрея Первозванного и «Диалог культур». Первая из них состоялась в Зальцбурге (Австрия), а последующие — в Веймаре (Германия) и Белграде (Сербия).
В рамках подготовки к празднованию юбилея 1000-летия русского монашества на Святой Горе Афон Свято-Пантелеимоновским монастырем и учрежденным в 2011 г. Общественно-попечительским советом Международного фонда восстановления и сохранения культурного и духовного наследия русского на Афоне Свято-Пантелеимонова монастыря запланирована организация ежегодной международной научной конференции на тему «Афон и славянский мир». Первая такая конференция была проведена в мае 2013 г. в Белграде (Сербия), вторая — в мае 2014 г. в Софии (Болгария), а третья — в мае 2015 г. в Киеве. Проведение завершающей, четвертой конференции запланировано в юбилейный 2016 г. в Москве.