Познакомившись с новейшими направлениями во французской и немецкой медиевистике, которые стремились использовать иные, кроме хроник и грамот, источники, и движимый собственной глубокой верой, Федотов обратился к изучению религиозной жизни, религиозных представлений и практики в первые века существования христианства в римской Галлии, а затем — во франкских королевствах. Более всего его интересовало соотношение между дохристианскими представлениями и ценностями (как языческой религией, так и институтами варварского общества), с одной стороны, церковью и светской властью Меровингов и Каролингов — с другой. Его подход предполагал глубокое прочтение хорошо известных текстов и документов, свежий взгляд на жития святых, преимущественное внимание к тому, что осталось за рамками текста, попытка понять истинный смысл слов в их подлинном, историческом контексте. В России и в первые годы изгнания в Париже Федотов опубликовал несколько статей, посвященных исследованию этого круга вопросов на основе источников о св. Мартине Турском, первых меровингских королях и епископах.
Его выводы позволили по-новому взглянуть на взаимоотношения между церковью и королевской властью. Он указывал, что речь отнюдь не шла о безусловном подчинении церкви Меровин-гам. Скорее можно говорить о том, что идеи и практика церкви и ее наиболее заметных деятелей, обращенные к верующим, создавали определенную дистанцию между королем и клиром, а также помогали отделить духовенство от дурных дел правителя, сохраняя, однако, за ним роль хранителя и глашатая истинных ценностей христианства. Например, Федотов отметил, что многие чудеса, о которых повествуется в житиях меровингского и раннего каролингского времени, связаны с «освобождением» пленников, рабов и т. д. По требованию святого или вследствие его непосредственного вмешательства распахивались двери узилищ, разрушались их стены, оковы падали, освобождая пленников. Если же правитель не сразу понимал смысл знамения, святой заставлял его поступить должным образом, совершая иные чудеса. Вывод, к которому подводил Федотов, был очевиден и особенно применим к периодам революции, гражданской войны и первых лет существования советского режима. Истинный христианский идеал не допускал посягательств на свободу личности со стороны светских властей.
В течение первого десятилетия жизни в эмиграции в Париже Федотов применял тот же метод к исследованию истории русской святости. Вновь источником ему послужили жития святых. Очевидно, не без влияния работы аббата Бремона (тогда он на него не ссылался, однако в «Русской религиозной мысли» такие отсылки есть) он анализировал агиографическую литературу, чтобы понять сущность русских религиозных ценностей и, шире, тех идеалов русской общественной жизни, которые в них отражались. Для своей книги «Святые древней Руси» Федотов изучил житийную литературу XI — XVII вв. вплоть до XVIII столетия. Он установил типологию русской святости начиная с Бориса и Глеба. Его поразил тот факт, что никто из ранних, зачастую весьма почитаемых святых не проявлял в полной мере строго религиозных качеств: они не были ни проповедниками христианства, ни чудотворцами, ни мучениками за веру. Напротив, это были кроткие жертвы жестокости светских властей. Они не боролись с этой жестокостью и погибали, но именно благодаря этой их покорной пассивности перед лицом зла они были канонизированы и оплаканы, а чудеса свои совершали уже после смерти. Некоторые другие святые — из числа светских князей — возвысились благодаря тому, что сражались с неверными за русскую землю. Наконец, большая часть других героев агиографических сочинений была причислена к лику святых за то, что они вели праведную жизнь, помогали бедным и слабым. За редкими исключениями в русской агиографии не представлены чисто христианские мученики, проповедники или могущие служить примером для подражания аскеты. (То обстоятельство, что здесь мы имеем дело с византийскими образцами, не противоречит предложенной Федотовым трактовке).