Опыт первой мировой войны подсказывал Швейцеру, что и здесь, вдали от арены боевых действий местное население обречено на страдания, которые будут расти день ото дня. Поэтому уже теперь следовало экономить материалы и принимать в больницу пациентов лишь в самых неотложных случаях. Тех же пациентов, чье лечение можно было отложить, как и всех больных с легкими недугами, отсылали домой. Одним велели приехать позже, других по возможности снабжали лекарствами и рекомендациями для самолечения. Оставляли в больнице лишь тех, кто нуждался в неотложном хирургическом вмешательстве. То были суровые меры. Люди, приезжавшие в больницу издалека в надежде, что им здесь помогут, не всегда понимали, почему им отказывают в приеме. Но у Швейцера не было иного выхода. «Какие это печальные дни, когда приходится отсылать больных домой! Вновь и вновь вынуждены мы отказывать людям в их слезных просьбах, вновь и вновь объяснять им то, чего они так и не в силах понять, что им больше нельзя оставаться в больнице».
Повседневный труд требовал огромного напряжения. Как и во всякой другой больнице. Но насколько труднее было работать в здешних условиях и в здешнем климате! В середине января 1940 года в Ламбарене приехала молодая женщина-врач Анна Вильдикан: она уже работала в швейцеровской больнице с 1935 по 1937 годы. Еврейка по национальности, она со множеством сложных приключений покинула Европу. Здесь, в Ламбарене, были рады новой сотруднице.
Впрочем, в октябре — ноябре и здесь создалось критическое положение. За селение Ламбарене шли ожесточенные бои между солдатами генерала де Голля и войсками правительства Виши. Опасались, как бы не пострадала больница. В спешном порядке деревянные стены строений загородили щитами из рифленого железа и вокруг насыпали земли; все это должно было защитить пациентов и персонал от снарядов. Однако сражающиеся стороны пощадили больницу; лишь несколько шальныx пуль залетели сюда, никого не задев.
В Экваториальной Африке войска маршала Петена потерпели поражение; новое правительство колонии присоединилось к союзникам, сражающимся против гитлеровской Германии. На работе больницы это, однако, почти не отразилось. Из отчетов Швейцера видно, что его симпатии принадлежали тем силам в колонии, которые встали на сторону антигитлеровской коалиции. Связь с родиной, которую и прежде было трудно поддерживать, теперь прервалась совершенно, Германия оккупировала Эльзас.
Летом 1941 года в Ламбарене неожиданно появилась Елена Швейцер. Ей пришлось проделать трудный путь, полный необыкновенных приключений. Она приехала не потому, что боялась оставаться даже в Швейцарии, просто сейчас она хотела быть рядом с мужем. Дочь Швейцеров к тому времени уже вышла замуж и стала швейцарской подданной, отныне она уже не нуждалась в заботах матери. Будучи слабого здоровья, шестидесятидвухлетняя Елена Швейцер собралась в путь, на котором ее подстерегало множество опасностей. Через еще не оккупированную к тому времени Южную Францию она пробралась в Испанию, а оттуда — в Португалию. Из Лиссабона она на португальском пароходе отплыла в Сан-Антонио де Заире, в Анголе. Крутыми тропами девственных лесов, вдоль речных берегов, она наконец через Бельгийское Конго 2 августа 1941 года добралась до Ламбарене. Радостным и в то же время несколько грустным, учитывая обстановку, было свидание супругов.