Работа в больнице изнашивала нервы. Конечно, сейчас здесь трудились три врача, а Елена Швейцер, Эмма Хаускнехт и их чернокожие и белые помощники обеспечивали уход за больными. Однако всех угнетала неуверенность в будущем, сознание того, что на полях сражений, в городах под градом бомб ежедневно погибают или становятся калеками тысячи людей, в то время как сотрудники ламбаренской больницы лечат от опухолей и прободения желудка, от малярии и проказы. Есть ли вообще смысл в этой работе? При тех средствах, которыми еще располагала больница (и кто мог сказать, как они будут пополняться в дальнейшем), она могла одновременно принять лишь около сорока пациентов, не считая амбулаторных больных. Тем не менее запасы лекарств быстро таяли. Да и деньги подходили к концу.
И тут неожиданно подоспела помощь. В 1941 году в Ламбарене пришли деньги — необходимое количество для продолжения работы в больнице. Американские друзья Швейцера прислали ему, кроме того, медикаменты и небольшую партию самых необходимых предметов. Однако адресат получил этот груз лишь спустя год. Поскольку на Атлантическом океане судам угрожали немецкие подводные лодки, груз отправили в Дуалу (Камерун), а оттуда речным пароходом — в Порт-Жантиль и затем вверх по Огове до Ламбарене, куда он прибыл 11 июня 1942 года. Отчаянное положение, в котором оказалась больница, было несколько смягчено. И в последующие годы больница получала из-за океана небольшие денежные суммы. Однако эти поступления не могли избавить руководство больницы от непрестанных денежных забот, притом что в 1942 и 1943 годах снова несколько расширили прием больных.
Чем дольше затягивалась война, тем труднее было работать Швейцеру и его помощникам.
Врачи, как и их помощники, срочно нуждались в отдыхе, но ехать в Европу, в более мягкий климат, из-за войны было нельзя, не хватало для этого и денег. Оставалось лишь одно — немного отдохнуть в горных районах Бельгийского Конго или же Камеруна. И работники больницы поочередно провели там по нескольку недель. Только Швейцер и его жена отказали себе в отдыхе. Слишком велики были трудности, с которыми повседневно сталкивалась больница, и Швейцер не мог решиться оставить ее, пусть даже ненадолго. О своем душевном состоянии в ту пору он рассказывает в «Африканском дневнике с 1938 по 1945 год»: «В 1944 году мы сами уже понимаем, до какой степени мы устали. Причина этой усталости — как слишком длительное пребывание в жарком, влажном африканском климате, так и постоянное переутомление, вызванное непомерной нагрузкой. Приxoдится напрягать последние силы, чтобы справиться с работой, которой ежедневно требует от нас наше дело. Только бы не захворать, только бы быть в состоянии его продолжать — вот чем мы повседневно озабочены. Ни одному из нас сейчас уже нельзя оставить работу, и мы все это понимаем. Ни одного из нас еще долго никто не сменит... И мы не сдаемся»