В этот период заметно улучшились отношения Швейера с его учителем музыки. У господина Мюнха скоро уже не было необходимости жаловаться на «деревянную игру» Альберта на пианино. Однажды, не слишком веря в успех, он дал ученику задание: разучить короткую песню без слов Мендельсона-Бартольди. Целую неделю Швейцер разучивал эту пьесу, и тетушка Софи под конец убедилась, что он способен сыграть ее точно, хотя, может, излишне эмоционально. Учитель музыки Мюнх похлопал мальчика по плечу. Какая честь! Он не ожидал от Швейцера такой тонкости восприятия. И он сразу же дал ему следующее задание: разучить пьесу Бетховена. Спустя всего несколько уроков учитель счел своего ученика достойным Баха. Потом были еще уроки, и учитель объявил Альберту, что после конфирмации ему разрешат учиться играть на большом оргáне в церкви св. Стефана. Таким образом, когда Швейцеру было пятнадцать лет, исполнилась его давнишняя мечта: играть на большом красивом оргáне с тремя клавиатурами и шестьюдесятью двумя клавишами и довершить здесь то, что некогда он начал на маленьком оргáне в сельской церквушке в Гюнсбахе. Шестнадцати лет Швейцер впервые заменил у органа во время богослужения своего учителя Эугена Мюнха, который был органистом в церкви св. Стефана. Вскоре учитель доверил Альберту сопровождать на органе большой хор и оркестр во время публичного исполнения ими «Реквиема» Брамса в Мюльгаузене, где дирижировал сам Мюнх. В 1898 году Эуген Мюнх во цвете лет умер от тифа. Альберт Швейцер почтил его память небольшой брошюрой, написанной по-французски. Это было его первое печатное произведение.
«Самое глубокое впечатление произвел на меня в гимназии ее директор Вильгельм Дееке, который приехал в Мюльгаузен, когда я уже учился в старших классах, ― писал впоследствии Альберт Швейцер. ― Чувствовалось, что он хотел не только дать нам знания, но и воспитать нас настоящими людьми».
Директор Дееке приехал в Страсбург из Любека. Он не скрывал, что осуждает «опруссачивание» Эльзаса и позволял себе смелые высказывания. Об этом вскоре прослышал наместник генерал фон Мантейфель. Тогда Дееке перевели в более скромную гимназию: назначение в Мюльгаузен было для него своего рода ссылкой. Однако в общении со своими воспитанниками директор никогда не позволял себе выказывать озлобленность, напротив, как истинный педагог, он старался также научить своих питомцев такту и твердости духа. Разумеется, все ученики знали, как поступили с их директором. Альберт Швейцер выучился у него не только греческому и латинскому, но прежде всего стойкости.