В октябре того же года дядя Альберта Швейцера, который имел в Париже свое торговое дело, помог племяннику поступить учеником к знаменитому органисту Шарлю-Мари Видору. Правда, Видор давал уроки исключительно студентам парижской консерватории, которых по большей части отбирал сам. Но, услышав игру Альберта Швейцера, он сразу же оценил его необычайное дарование и согласился взять его в ученики. Между учителем и учеником вскоре установились сердечные, дружеские отношения, которые сохранялись много лет. В последующие годы Швейцер, как только мог, наезжал в Париж, чтобы брать там уроки органа. Позднее он рассказывал: «Эти уроки имели для меня решающее значение. Видор учил меня совершенствовать мою технику и стремиться в игре к абсолютной пластичности. Кроме того, благодаря ему я осознал значение архитектоники в музыке».
В конце октября 1893 года Швейцер стал студентом Страсбургского университета. Благодаря ходатайству родственников ему разрешили жить при семинарии св. Фомы. В университете его зачислили сразу на теологический и философский факультеты.
Страсбургский университет был основан в 1872 году, после присоединения Эльзаса к Германии, и в ту пору переживал известный расцвет. Многие талантливые молодые ученые устремились в Cтpacбypг, потому что в других германских университетах долго нельзя было получить кафедру: приходилось ждать, пока возглавляющие их профессора не достигнут преклонных лет. K исходу века в Страсбургском университете почти не осталось престарелых профессоров. Повеяло благостным, свежим ветром, студенты и преподаватели были свободны от гнета каких-либо замшелых традиций.
Много труда пришлось затратить Швейцеру, чтобы после первого семестра (17 февраля 1894 года) сдать зачет по древнееврейскому языку. В мюльгаузенской гимназии изучали лишь азы, попросту говоря, начатки древнееврейского. Однако знание этого языка было необходимо для успешного изучения теологии. И еще одна трудность ждала студента Швейцера: только после первых двух семестров студентам-богословам дозволялось ходатайствовать о стипендии. Естественно, стипендия назначалась лишь при условии успешной сдачи экзаменов. Поскольку Альберт Швейцер не мог рассчитывать на какую-либо помощь со стороны родителей, стипендия была ему необходима, вот почему на первом году студенчества ему пришлось нелегко — приходилось работать с большой нагрузкой.
Весной 1894 года Швейцер решил отслужить год в армии. Он поступил добровольцем в страсбургский пехотный полк. В прусской армии была изобретена особая форма военной службы для элиты — юношей из интеллигентных семей. Преимущество ее заключалось в возможности самостоятельно выбрать гарнизон, а также в сокращении срока службы до одного года. Молодые добровольцы-одногодники, которым впоследствии в большинстве случаев присваивали офицерское звание, помимо этого пользовались еще и другими привилегиями. Альберт Швейцер, к примеру, не прерывал свои занятия в Страсбургском университете. Отбывая воинскую повинность, он тем не менее с разрешения начальства почти регулярно посещал лекции в 11 часов.