В ту пору Швейцер слушал лекции профессора-философа Вильгельма Виндельбанда. Влияние Виндельбанда надолго оставило след в сознании Швейцера, и лишь спустя много лет он полностью освободился от него. Виндельбанд принадлежал к числу представителей так называемой «баденской» школы внутри неокантианства, которая особенно усердствовала в борьбе против исторического материализма. Неокантианцы пытались переосмыслить учение Канта в субъективно-идеалистическом духе; при этом преследовалась цель полностью отделить природу от общества как якобы принципиально разные объекты философии, требующие соответственно принципиально различной методики исследования; вопросы же мировоззрения вообще должны быть, по их мнению изъяты из сферы философии. Представители этой школы утверждали, что суть философии не столько в теории познания, сколько в исследовании проблемы ценностей и воли. Виндельбанд полагал, что характерная черта новой эпохи — борьба индивидуума с массой. Вполне понятно, что молодой Швейцер, подмечавший вокруг множество противоречий, был под сильным впечатлением этой теории.
Кроме того, Швейцер прослушал интересный курс богослова Хольцмана о синоптиках>{5}, т. е. о трех первых евангелистах (Матфее, Марке и Луке). Чтобы получить стипендию на теологическом факультете, Швейцер, отбывая воинскую повинность, одновременно готовился к экзаменам. Обычно студентам первого года предлагалось сдать три экзамена, если же претендент на стипендию одновременно нес военную службу, то достаточно было одного. Альберт Швейцер решил сдавать экзамен по курсу о синоптиках. Даже во время осенних маневров в солдатском ранце Швейцера лежал томик Нового завета, и, как только выдавалась свободная минута, юноша погружался в его изучение. Скептический склад ума позволил ему сделать своего рода открытие. Сам Швейцер так писал об этом: «Хольцман добился признания наукой так называемой гипотезы Марка, иными словами, теории, согласно которой Евангелие от Марка и есть самое древнее из всех, а Евангелия от Матфея и от Луки написаны на его основе. Поэтому считалось доказанным: чтобы узнать деяния Христа, достаточно прочитать одно лишь Евангелие от Марка. Вот этот-то вывод, к моему удивлению, я вынужден был поставить под сомнение, когда во время изучения 10-й и 11-й глав Евангелия от Матфея мое внимание привлек эпизод, рассказанный одним лишь Матфеем, но отнюдь не Марком. В 10-й главе Евангелия от Матфея рассказывается о том, как Христос выслал в мир двенадцать своих апостолов. Христос напутствовал их речью, в которой объявил им, что вскоре они узнают жестокие преследования. С ними же, однако, ничего худого не приключилось... Как могло статься, что Иисус предвещал своим ученикам события, которым в ходе дальнейшего повествования не было дано свершиться? Объяснение Хольцмана, что перед нами не историческая речь Иисуса, а более поздняя вставка — осуществленная уже после его смерти подборка „речений Христа“, меня не удовлетворило. Более поздним авторам вряд ли пришло бы на ум вкладывать в уста Христа пророчества, которые впоследствии не исполнились».