Швейцер внушал всем, что прекрасное звучание старых органов должно сочетаться с новейшими техническими достижениями начала ХХ века. Началась настоящая борьба между мастерами искусного ремесла и сторонниками промышленного изготовления органов. Дело не в том, что Швейцер рассматривал баховский орган как некий абсолютный идеал и символ культа памяти композитора, он выступал за разумное сочетание традиции с прогрессом.
Разумеется, Швейцер считался непререкаемым авторитетом. Он собственноручно разработал анкету, включавшую 150 подробных вопросов. Эту анкету разослали в шесть европейских стран всем известным органистам и органостроителям. Просмотр сотен анкет отнял у Швейцера очень много времени: на ознакомление с каждым ответом у него в среднем уходило не меньше шести часов. В 1909 году в Вене и одновременно в Лейпциге, в издательстве «Брайткопф и Хертель», вышла брошюра под названием «Международные правила органостроения»: «Борьбе за настоящий орган я отдал много времени и труда. Сколько ночей я провел над чертежами органов, которые я должен был утвердить или же изменить. Сколько поездок я совершил, чтобы на месте изучить вопрос о целесообразности реставрации какого-нибудь старого органа или же о необходимости изготовления нового».
Благодаря Швейцеру удалось сохранить и реставрировать многие старые органы в различных городах Европы, а большинство новых органов делалось в соответствии с международными правилами.
На протяжении всей жизни Швейцер в той или иной мере занимался вопросами органостроения. Всякий раз, когда он возвращался из Африки в Европу, его непременно приглашали всюду, где желали установить орган или же реставрировать старый, чтобы получить совет. Он всегда старался сохранить органы с красивым звуком. Друзья острили на его счет: «В Африке он спасает старых негров, в Европе — старые органы».
При первой возможности Швейцер отправлялся в Париж. Здесь он по-прежнему читал лекции в Сорбонне и давал органные концерты — как в рамках программы Парижского общества любителей Баха, так и сольные концерты. «Вообще, я стал чаще выступать с концертами не только потому, что завоевал известность как органист, но и потому, что, отказавшись от жалованья директора фонда св. Фомы, я вынужден был искать для себя дополнительный заработок».
В ту пору Швейцер-органист концертировал в Цюрихe, Штутгарте, Фрайбурге, Мюльгаузене, Барселоне и многих других городах. Когда же в Байрёйте давали оперы Вагнера, он, само собой, отправлялся в Байрёйт, где неизменно был гостем семейства Вагнер. Как и прежде, много времени отнимали у него лекции на теологическом факультете Страсбургского университета, к которым он готовился очень тщательно. И, кроме того, он по-прежнему проводил службы в церкви св. Николая. «Сколько проповедей для прихожан церкви св. Николая сочинил я в поезде на линии Париж — Страсбург».