При рассмотрении дела в военных судах должность судей исполняли офицеры, находящиеся на командных должностях и не имеющие специального статуса судей.
В рассмотрении дела именно в военном суде были заинтересованы прежде всего подсудимые – Мартынов, Глебов и Васильчиков.
Так же, как и в наше время, военные суды тогда за аналогичные преступления обычно выносили более гуманные приговоры.
Из заключения Мартынов передал Глебову записку:
«Меня станут судить гражданским судом; мне советуют просить военного. Говорят, что если здесь и откажут, то я имею право подать об этом просьбу на высочайшее имя. Узнай от Столыпина, как он это сделал? Его, кажется, судили военным судом. Комендант был у меня сегодня; очень мил, предлагал переменить тюрьму, продолжать лечение, впускать ко мне всех знакомых и проч. А бестия стряпчий пытал меня, не проболтаюсь ли. Когда увижу тебя, расскажу в чем. Н. М.».
Ответ Глебова был следующим:
«Непременно и непременно требуй военного суда. Гражданским тебя замучают. Полицмейстер на тебя зол, и ты будешь у него в лапках. Проси коменданта, чтобы он передал твое письмо Траскину, в котором проси, чтобы тебя судили военным судом. Столыпин судился военным судом; его теперь нет дома, а как приедет, напишет тебе все обстоятельства. Комендант, кажется, решается перевесть тебя из тюрьмы. Глебов».
Существует также ответ Столыпина на письмо Мартынова:
«Я не был судим; но есть параграф Свода законов, который гласит, что всякий штатский соучастник в деле с военным должен быть судим по военным законам, и я советую это сделать, так как законы для военных более определенны, да и кончат в десять раз скорее. Не думаю, чтобы нужно было обращаться к Траскину; обратись прямо к коменданту. Прощай. Что же касается тебе выходить, не советую. Дай утихнуть шуму. Столыпин».
Восьмого августа Мартынов подготовил письмо на имя шефа жандармов графа А. Х. Бенкендорфа с просьбой о замене гражданского суда военным.
От гражданского суда Мартынов мог получить ссылку в Сибирь, а от военного – отдачи в солдаты в действующую армию. Мартынов писал Бенкендорфу: «Сиятельнейший граф, милостивый государь. Бедственная история моя с Лермонтовым заставляет Вас утруждать всепокорнейшею просьбою. По этому делу я предан теперь гражданскому суду. Служивши постоянно до сих на военной службе, я свыкся с ходом дел военных ведомств и властей и поэтому за счастие почел бы быть судимым военными законами. Не оставьте, Ваше Сиятельство, просьбу мою благосклонным вниманием. Я льщу себя надеждою на милостивое ходатайство Ваше тем более, что сентенция военного суда может доставить мне в будущем возможность искупить проступок мой собственной кровью на службе Царя и Отечества».