Когда Тесей прибыл в Афины, Эгей принял его, а вот его жена Медея сразу невзлюбила юношу. Эгей в свое время женился на ней, потому что она пообещала ему родить наследника. Медея попыталась убить Тесея, поднеся ему чашу отравленного вина. Но Эгей, в котором жена пробудила недоверие к Тесею, узнал его меч и, когда тот уже подносил чашу ко рту, выбил ее у него из рук.
Тесей был объявлен наследником Эгея, что вызвало протест со стороны некоторых сыновей брата Эгея и привело к их восстанию. Тесей победил своих кузенов, пытавшихся устроить на него засаду, и постарался завоевать благосклонность афинского народа. Первым делом он укротил Марафонского быка, который уничтожал посевы и опустошал окрестные земли. Это был тот самый бык, от которого Пасифая, жена критского царя, родила Минотавра. В то время афиняне должны были каждые девять лет посылать семерых юношей и семерых девушек на Крит на съедение Минотавру. Это делалось во искупление убийства Андрогея, сына Миноса. Тесей добровольно отправился на Крит, намереваясь убить Минотавра. Он сделал это с помощью дочери Миноса Ариадны: девушка влюбилась в героя с первого взгляда и дала ему клубок ниток, чтобы он разматывал его, перемещаясь по лабиринту Минотавра, и смог вернуться назад. За это Тесей пообещал жениться на Ариадне и взять ее с собой в Афины. Однако Тесей бросил Ариадну на острове Диа (Наксос), откуда ее, к счастью, спас бог Дионис. (Этот эпизод являлся дискуссионным для античных авторов.)
Тем временем Эгей с тревогой ожидал возвращения сына. Они договорились, что на корабле Тесея будут белые паруса в случае его победы и темные – в случае смерти героя. Тесей отвлекся и забыл поднять белый парус, в результате чего Эгей в отчаянии бросился с Акрополя. Тесей стал царем и объединил все разрозненные прежде поселения, тем самым укрепив Афины. Уже будучи царем Афин, Тесей принял участие в противоборстве Геракла и амазонок, приведшем к нападению последних на сам Акрополь. Тесей победил амазонок и вместе с их царицей Ипполитой (или Антиопой) стал родителем Ипполита. Супруга Тесея Федра, дочь Миноса, воспылала к Ипполиту страстью. Это явилось причиной ее самоубийства и смертельного проклятия, наложенного Тесеем на Ипполита.
Дела пошли еще хуже, когда Тесей попытался похитить Елену Спартанскую, которой на тот момент было двенадцать лет, а затем решил помочь своему другу, царю лапифов Пирифою, похитить царицу Аида Персефону. Тесей и Пирифой оказались пленниками в Царстве мертвых, но Тесею удалось освободиться благодаря вмешательству Геракла. Вернувшись в Афины, он застал там беспорядки и обнаружил, что от него отвернулись бывшие союзники. Тесей покинул Афины и отправился на остров Скирос. Царь Скироса Ликомед, обеспокоенный присутствием на острове столь могущественного человека, убил Тесея.