Статьи в энциклопедии сгруппированы по четырем базовым категориям: божества, люди, чудовища и места. Первая категория включает в себя бессмертных и смертных богов и богинь. Например, нимфы считались духами, обитавшими в деревьях, водоемах и других природных объектах, но они могли дряхлеть и умирать. Вторая категория – отдельные герои и героини, а также группы чем-то объединенных людей (амазонки, к примеру). Персонажи фантастических размеров и гибридные существа отнесены к категории чудовищ независимо от того, добрые они или злые. В данном случае слово «чудовище» близко по смыслу к латинскому monstrum, означающему странный, но не обязательно заключающий в себе зло предмет (или лицо). Исторические регионы, водоемы, горы и города объединены в четвертую категорию. Одно из особенно интересных свойств мифологических персонажей и мест заключается в том, что они сопротивляются жесткой категоризации. Поэтому группы неизбежно пересекаются, как, например, в случае с обожествлением героя-человека или с рекой, воспринимаемой и как географический объект, и как его божественная персонификация. Геракл и Асклепий – примеры первого варианта, Пеней и Ахелой – второго. Гея – земля и в то же время богиня земли. Охотник Орион – великан, относящийся по этому признаку к разделу фантастических существ и чудовищ и не являющийся полностью ни смертным, ни божеством. Сатиры, гибридные существа, классифицированные как чудовища, в то же время были духами леса, и так далее. Система перекрестных ссылок помогает найти статьи, уместные сразу в нескольких категориях.
Определенные трудности создает не только категоризация, но и написание имен. В энциклопедии выбор делался в пользу вариантов написания, использованных в книге Гамильтон, однако при этом указываются и некоторые альтернативные. Этот вопрос сам по себе сложен по нескольким причинам. Одна из них – перенос имен собственных из греческого в латынь, а затем и в английский. Даже у древних авторов их написание не всегда совпадает, в том числе и в текстах, написанных на одном языке.
Разница в написании имени того или иного персонажа идет рука об руку с разными, порой противоречивыми, версиями его жизни и деяний. Сами мифы, как и их герои, эволюционировали на протяжении тысячелетий. Сталкиваясь с разными вариантами и противоречиями, важно помнить, что многие (если не большинство) мифов на каком-то этапе передавались из уст в уста, подвергались влиянию культурных сдвигов и такого фактора, как отображение в искусстве. Одним из примеров является цикл мифов о Троянской войне. Давно известно, что данные сюжеты берут начало в бронзовом веке (очень приблизительно – в 1800–1150 гг. до н. э.), во времена самой Троянской войны. Да, Троянская война действительно была, точнее, их было несколько. Аспекты истории Ахилла, а также его товарищей и противников, многим хорошо знакомые по «Илиаде» Гомера, были к тому моменту, когда их записали (возможно, в 750 г. до н. э. или позднее), многократно переданы в устной форме, с изменениями, которые вносил каждый рассказчик. За эти несколько сотен лет в греческом мире произошли серьезные перемены: он пережил расцвет и падение могущественных царств, темные века и появление городов-государств, не управляемых монархами.