«Новая жизнь» издавалась в основном на средства Горького и частично на деньги, полученные еще от «миллионщика» Саввы Морозова. Очевидно, что решение дать средства на газету он тоже принял не без участия Богданова. «Великий визирь» партии был архиактивным, как сказал бы Ильич, сотрудником газеты, но потом его имя из числа тех, кто ее выпускал, надолго исчезло. На самом деле, фактических редакторов издания было несколько. Но обычно называли Ленина, Луначарского, Ольминского, Покровского, Орловского, а вот Богданова, Базарова и Льва Каменева — нет.
Восьмого ноября Ленин нелегально возвратился в Петербург. Он активно сотрудничал в «Новой жизни», выступал перед фракцией большевиков в Петербургском совете рабочих депутатов. Богданов в это время тесно контактировал с Лениным, и не только как редактор «Новой жизни». Вместе с Красиным он руководил Боевой технической группой большевиков, которая осуществляла подготовку к вооруженному восстанию. Он был представителем ЦК партии в Совете рабочих депутатов. Однако их совместная с Лениным работа в России тогда оказалась недолгой — Богданов оказался в тюрьме.
Это произошло 3 декабря 1905 года. «Взяли» не только его одного, а сразу 267 депутатов Совета — прямо на заседании. Причиной ареста стал «Финансовый манифест», опубликованный от имени Совета, партий социал-демократов, эсеров, польских социалистов и крестьянского союза. В нем граждан призывали отказаться от уплаты государству «взносов выкупных и всех других казенных платежей», а при всех сделках требовать «уплаты золотом, при суммах меньше пяти рублей — полновесной звонкой монетой», и «брать вклады из ссудо-сберегательных касс и из Государственного банка, требуя уплаты всей суммы золотом».
Эти призывы к фактическому «финансовому бойкоту» правительство игнорировать уже не могло. Было принято решение взять всех депутатов «скопом». Накануне, 2 декабря, были запрещены газеты, опубликовавшие «Манифест», в том числе и «Новая жизнь».
Сам арест проходил весьма оригинально. Во время заседания Совета в помещении Вольного экономического общества здание окружили войска и полиция. Один из офицеров вошел в зал и хотел зачитать ордер на арест. Но Троцкий его осадил: «Пожалуйста, не мешайте оратору. Если вы хотите выступить, сообщите свое имя, и я спрошу у совещания, желает ли оно вас выслушать». Офицер растерянно замолчал. После того как очередной оратор закончил выступление, Троцкий спросил, желают ли депутаты выслушать «информационное сообщение». После этого он предоставил слово офицеру, который зачитал ордер. Но на этом дело не закончилось. Выслушав полицейского, Троцкий предложил принять его сообщение к сведению и перейти к следующему пункту повестки дня. Офицер попытался вмешаться, но Троцкий его снова перебил: «Прошу вас не мешать. Вы получили слово, сделали свое заявление, мы приняли его к сведению». Поскольку «собрание» не захотело больше слушать представителя полиции, Троцкий попросил его «покинуть помещение». Возмущенный офицер ушел. Пока он обсуждал необычную ситуацию с начальством, депутаты успели уничтожить кое-какие бумаги. Наконец в зал вошел усиленный отряд полиции и солдат, которые начали выводить депутатов. Троцкий хладнокровно объявил заседание закрытым.