В 1924 году Богданов описал некоторые другие обстоятельства этого ареста. По его словам, накануне большевики и меньшевики договорились обсудить на заседании Совета вопрос о восстании. При этом меньшевики предложили, чтобы на заседание пришли наиболее видные члены фракций. Большевики с этим согласились и вроде бы даже собирались направить на заседание Ленина.
Как вспоминал Богданов, он «заявил протест против преступного риска, потому что арест всего Совета считался вероятным». Его поддержали. В итоге Ленин на заседание Совета не пошел, а Богданов пошел. Другими словами, если принять его версию, именно благодаря ему история России дальше пошла так, какой мы ее сегодня знаем. Кто знает, к чему бы в 1905 году привел арест Ленина, а не Богданова…
Богданов больше четырех месяцев просидел в известной питерской тюрьме «Кресты». Именно там он узнал о событиях в стране, которые произошли за время его заключения. «Я получил к концу декабря, нелегально, разумеется, через жену, от Ленина письмо, в котором он характеризовал положение и перспективы: крах [Московского декабрьского] восстания, необходимость пока больше затаиться в подполье, выжидать и готовиться».
В тюрьме Богданов написал новую версию «Краткого курса экономической науки» и третью часть «Эмпириомонизма». «Обе рукописи были нелегально переданы мною жене, благодаря попустительству жандармского офицера на свиданиях. Обе книги вышли в свет к концу 1906 года», — вспоминал он.
Когда Богданов еще был в тюрьме, 10–23 апреля 1906 года в Стокгольме состоялся IV съезд РСДРП, на котором большевики формально снова объединились с меньшевиками. В одной партии они будут состоять до 1912 года, но Ленин писал, что большевики никогда не прекращали идейной борьбы с меньшевиками «как с проводниками буржуазного влияния на пролетариат и оппортунистами». На этом съезде Богданова избрали членом ЦК.
Его выпустили из тюрьмы 5–6 мая 1906 года под залог в тысячу рублей. Большие деньги по тем временам! Прямых улик против него не нашлось, и он отделался сравнительно легко. Ему предложили выбор — или уехать «под гласный надзор» к себе на родину, или выехать за границу. Он уехал за границу. Правда, вскоре нелегально вернулся.
Вместе с женой он приехал в Финляндию. Хотя Финляндия и входила в состав Российской империи, но порядки здесь были свободнее, чем в «метрополии», да и русская сыскная полиция действовала не так активно.
В России революция шла на убыль, были разгромлены восстания в Свеаборге и Кронштадте, в июле царь распустил 1-ю Государственную думу или, как ее называли в либеральных газетах, «Думу народного гнева». Она оказалась для правительства слишком уж радикальной и поэтому просуществовала всего 72 дня.