«Причин ареста я не знал», — указывал Богданов в своих дневниковых записях в тюрьме. Сначала он думал, что его «взяли» в связи с созданием кружка «физиологического коллективизма». Тем более что и у другого «коллективиста» — доктора Малолеткова — чекисты тоже провели обыск и оставили на квартире засаду. Но оказалось, что дело гораздо серьезнее.
Богданова обвинили в связях с группой «Рабочая правда» — одним из оппозиционных течений в РКП(б). Таких течений в 20-е годы было немало — «рабочая оппозиция», «рабочая группа», позже «левая оппозиция», «новая оппозиция». «Рабочая правда» возникла весной (по другим данным — осенью) 1921 года. Она выступала за создание новой «революционной рабочей партии», считая, что руководство РКП(б) перерождается, НЭП только обострил в СССР классовые противоречия и ведет к реставрации буржуазных порядков и что никакого социализма в СССР нет.
Группа нелегально выпустила брошюру, два номера одноименного журнала, обращения «Ко всему революционному пролетариату России», «К революционным организациям и социалистическим партиям всех стран». В этих публикациях она указывала, что «пора… организовать отпор наступающему и все более наступающему капиталу», что «рабочий класс влачит жалкое существование, в то время как новая буржуазия (то есть ответственные работники, директора заводов, руководители трестов, председатели исполкомов и т. д.) и нэпманы роскошествуют и восстановляют в нашей памяти картину жизни буржуазии всех времен» и что «пропасть между РКП и рабочим классом все больше углубляется, и этот факт нельзя затушевать никакими резолюциями и постановлениями коммунистических съездов, конференций». Некоторые из этих документов были опубликованы и в эмигрантской меньшевистской печати. Входили в группу в основном молодые (самой старшей из них было 28 лет) люди — студенты, научные работники, рабфаковцы, рабочие.
Казалось бы, какое отношение к этому делу имеет Богданов? Но, по мнению чекистов, — самое прямое. «Члены этой группы, — утверждала «Правда» 30 декабря 1923 года, — отнюдь не скрывают теперь, что они расходятся с РКП не только в оценке характера Октябрьской революции и роли в ней РКП, но расходятся также с материализмом Маркса в ряде вопросов; материализму Карла Маркса они противопоставляют идеологию А. Богданова, которого они считают своей теоретической опорой». А на допросах (они начались 13 сентября) следователи пытались доказать, что Богданов ответствен за «Рабочую правду». Он возражал: в таком случае Маркс несет ответственность за меньшевизм или за Троцкого.