Однако вскоре Троцкий нанес ответный удар. Он написал письмо в ЦК, в котором указывал на причины тяжелого положения в стране и в партии. Этими причинами, по его мнению, были «секретарская иерархия» и «бездушные партийные бюрократы, которые каменными задами душат всякое проявление свободной инициативы и творчества трудящихся масс». Своим письмом Троцкий инициировал дискуссию в партии. Его поддержали известные партийцы, выпустившие так называемое «Заявление 46-ти». В ответ сторонники «тройки» выступили с «Ответом членов Политбюро на письмо тов. Троцкого», в котором он обвинялся в организации фракционной деятельности и стремлении к личной диктатуре. Но сам «кандидат в диктаторы» вел себя весьма странно.
«Троцкий молчал, в дискуссии участия не принимал и на все обвинения никак не отвечал, — вспоминал Борис Бажанов. — На заседаниях Политбюро он читал французские романы, и когда кто-либо из членов Политбюро к нему обращался, делал вид, что он этим чрезвычайно удивлен». Вскоре, 25–27 октября состоялось заседание Объединенного пленума ЦК и Центральной контрольной комиссии (ЦКК), где Троцкому пришлось обороняться. Он, например, отвергал обвинения в бонапартизме, хотя весьма оригинальным образом. Один из его аргументов заключался в том, что сосредоточить власть в своих руках ему помешало бы его «еврейское происхождение». Сталин же обвинял Троцкого в том, что он «создает обстановку фракционной борьбы… грозящую нам расколом. Надо так оценить поступок Троцкого и осудить его». Мнение Сталина победило — пленум признал выступление Троцкого «глубокой политической ошибкой… грозящей нанести удар единству партии и создающей кризис партии».
Свое политическое молчание Троцкий прервал в декабре 1923 года. В «Правде» начали печататься его статьи, которые чуть позже, в январе 1924-го, он издал отдельной брошюрой под общим названием «Новый курс». «Новый курс, — писал Троцкий, — должен начаться с того, чтобы в аппарате все почувствовали, снизу доверху, что никто не смеет терроризировать партию». Он призывал заменить бюрократов «свежими силами» и больше внимания обращать на учащуюся молодежь, о которой писал, что она «вернейший барометр партии — резче всего реагирует на партийный бюрократизм».
Троцкому ответили Каменев, Зиновьев, Бухарин и др. В партии снова началась дискуссия. Особую тревогу у сторонников «тройки» вызывали настроения среди военных. 24 декабря начальник Политуправления РККА Владимир Антонов-Овсеенко подписал, например, циркуляр номер 200, согласно которому в ячейках официально вводился принцип выборности секретарей, а они сами освобождались «от мелочной опеки военкомов и политорганов». Предписывалось также «допускать свободную дискуссию… и критику деятельности руководящих военно-политических и партийных организаций». Более того, Антонов-Овсеенко направил угрожающий протест в ЦК и Политбюро, в котором предупреждал, что в партии есть люди, чей голос когда-нибудь «призовет к ответу зарвавшихся «вождей», так, что они его услышат даже несмотря на свою крайнюю фракционную глухоту».