Завоевание Кафиристана и обращение кафиров в ислам способствовало централизации страны. Однако процесс насаждения ислама занял здесь длительное время, и только к 40-м годам XX в. относятся первые сообщения о появлении в различных частях Кафиристана мусульманских служителей культа.
Мальчики из влиятельных семей воинов и старейшин были взяты в гвардию эмира, и позднее многие из них отличились в войне за независимость Афганистана (1919 г.). Часть семей кафиров спустилась в соседние долины, рассеялась по другим районам страны, в том числе в Кабуле и его окрестностях. Мне нередко приютилось слышать, что кабульцы и сегодня называют переселенцев из старого Кафиристана «джадидиха», т. е. «новички», имея в виду то ли позднее принятие кафирами ислама, то ли сравнительно недавнее переселение их в этот район.
Храмы богов кафиров постепенно были превращены в мечети. Шаманы, оставляя либо видоизменяя под каноны ислама прежние формы отправления обрядов, тоже со временем стали служителями новой религии. Все это положило начало частичному отмиранию, постепенной ломке или слиянию древних обычаев кафиров с мусульманской традицией. Однако и сейчас, чем выше подниматься по долинам Кунара, Алинтара и Пича, тем влияние ислама на традиции и уклад жизни местного населения менее заметно.
Полученные в разное время отрывочные сведении о кафирах поначалу привели к возникновению двух версий об их происхождении. Одно время кафиров считали потомками воинов Александра Македонского, осевшими после смерти полководца и распада его армии в южных отрогах Гиндукуша. Однако это предположение, строившееся преимущественно на некоторых внешних особенностях (светлый цвет волос, кожи и глаз, близкие к европейским некоторые привычки и спортивные игры) представляется весьма проблематичным. Известным советский антрополог Г. Ф. Дебец (1905–1969), изучавший конституцию представителей близких к нуристанцам племен пашаев и некоторых других групп населения окраинных районов Нуристана, объяснял их более светлую, чем у окружающих групп, пигментацию географической изоляцией.
Другая версия связывала происхождение кафиров с арабами. Однако она носила исключительно политический характер и лишь недолгое время поддерживалась в самом Афганистане в целях окончательного укоренения среди кафиров ислама. Понимая, что сломить их приверженность старым традициям лишь силой оружия вряд ли возможно, эмир Абдуррахман объявил, что кафиры являются прямыми потомками племени курейшитов, представителем которого, как известно, был основатель ислама Мухаммед.