В мае 1477 года они подняли мятеж против великого князя и перебили многих его сторонников. В своем письме к Ивану они заявили, что «не желают называть его государем и тиуном (судьей) и пускать к себе не намерены».
Ивану снова пришлось взяться за оружие, и 27 ноября его полки, готовые в любую минуту двинуться на штурм города, расположились на льду озера Ильмень.
Мятежники решили пойти на уступки и послали к Ивану послов. Однако тот заявил, что никаких уступок не будет и он намерен присоединить Новгород к своему государству со всеми вытекающими отсюда последствиями.
Новгородцы смирились, поскольку стоявший во главе их войска князь В. В. Шуйский перешел на сторону великого князя. 14 декабря было объявлено, что в Новгороде не будет веча, а вечевой колокол будет снят и отправлен в Москву.
Зима 1467 года по рождеству Христову на Руси выдалась суровой.
Сотни, если не тысячи, людей замерзали в полях, лесах и на дорогах и так и оставались лежать непогребенными под снежным саваном.
Надо ли говорить, с каким нетерпением измученные лютым холодом люди ждали прихода весны.
Но и весна не принесла облегчения, в апреле продолжали бушевать метели, стояли в ледяном плену реки, и по Руси поползли слухи о конце света.
Сложно сказать, верил ли в них находившийся в апреле в Коломне великий князь московский Иван Васильевич, но в Москву не спешил.
И все же ему пришлось туда ехать. 23 апреля к великому князю прибыл из Москвы гонец, который сообщил Ивану о кончине жены.
Мария Борисовна умерла накануне большого праздника — Юрьева дня 23 апреля. В то время покойников на Руси хоронили на другой день после смерти, и похороны великой княгини были назначены на 24 число.
Тело несчастной женщины так распухло, что покров, который прежде был велик, висел по краям, теперь уже не мог прикрывать покойницы. Все это указывало на признаки отравления, и на Москве начали толковать, что княгиня была убита.
Однако великий князь повел себя странно. По каким-то ведомым только ему причинам он не поспешил тотчас в Москву, хотя даже по тяжелой весенней дороге до столицы можно было добраться за день.
На похороны великий князь опоздал, и Марию Борисовну похоронили в соборе женского Вознесенского монастыря в московском Кремле без него.
На этом странности не кончились, поскольку, прибыв в столицу, Иван не стал разибраться в причинах смерти молодой и здоровой женщины, хотя по Москве ходили упорные слухи, что Мария Борисовна умерла «от смертного зелия».
Называли и предполагаемую отравительницу — жену дьяка Алексея Полуектова Наталью, которая якобы тайком посылала к какой ворожее пояс великой княгини для злой ворожбы.