Летом 1500 года, когда Василий Иванович принимал участие в сражении с литовцами в районе Дорогобужа, «на Свинском поле», произошел загадочный эпизод, о котором довольно туманно сообщает один поздний летописец.
Суть дела одни историки понимают так, что Василий изменил отцу и перешел на сторону Литвы, но затем вернулся, получив от Ивана обещание сделать его наследником престола.
Другие полагают, что речь идет всего лишь о мелком боевом эпизоде: полк Василия был обращен в бегство литовским войском, и княжич укрылся от неприятеля в Вязьме.
Если принять первую версию, то это означает, что призрак новой династической смуты стоял тогда у самых ворот московского Кремля.
Развязка затянувшейся семейной драмы наступила лишь через два года. «Toe же весны (1502 года) князь велики апреля 11 в понедельник положил опалу на внука своего великого князя Дмитрея и на его матерь на великую княиню Елену, и от того дни не велел их поминати в ектеньях и литиах, ни нарицати великым князем, и посади их за приставы».
Причина и даже повод для расправы остаются неизвестными. Некоторые летописи глухо сообщают, что мать и сын были арестованы «за некое их прегрешение».
Через три дня великий князь «пожаловал сына своего Василия, благословил и посадил на великое княженье Володимерьское и Московское и всеа Руси самодеръжцем, по благословению Симона, митрополита всеа Руси».
Царственным узникам были определены самые жестокие (по существу — убийственные) условия содержания. Устюжская летопись сообщает: «Того же лета князь великий Иван Васильевич посадил сына своего Василья Ивановича на великое княжение, а внука своего князя Дмитрея Ивановича посадил в камень (каменную темницу) и железа (цепи) на него положил».
Вероятно, столь же тяжким было и заточение Елены Волошанки.
После ареста внука и снохи Ивану стало невмоготу жить в Кремле, поблизости от их темницы.
В четверг 9 июня 1502 года он со всей семьей уехал в свою загородную резиденцию в Воронцово и пробыл там до 21 декабря.
Ровно через год после этих событий, 7 апреля 1503 года, умерла Софья Палеолог. Летописи не сообщают каких-либо подробностей ее кончины, за исключением того, что тело великой княгини было погребено в соборе кремлевского Вознесенского монастыря.
Ее похоронили рядом с могилой первой жены Ивана III — тверской княгини Марии Борисовны.
Но, как и всегда бывает в таких случаях, по Москве поползли слухи об очередном убийстве в благородном сейместве. В чем не было ничего удивительного.
Софью не любили в Москве за ее влияние на великого князя и за перемены в московской жизни — «нестроения великие», как выразился боярин Берсень-Беклемишев.