Кляйбер продержался в Берлине в должности генерал-музикдиректора берлинской Штатс Оперы до 1935-го года, после чего уехал в Прагу в поисках работы. Там он пробыл недолго, вероятно понимая, что теперь всё в Европе нестабильно, и что довольно скоро последуют грозные события, при которых оставаться там имея двух детей – восьми и пяти лет – очень небезопасно. Он попытался устроиться в Италии, получив приглашение от миланского театра «Ла Скала», но в это же время вышли анти-еврейские законы Муссолини. Кляйбер сразу же уехал, заявив следующее: «Как христианин я не могу работать, когда закон запрещает работу в театрах евреям…»
Биографы указывают на то, что Эрих Кляйбер выразил своим уходом из берлинской Оперы протест против отсутствия при нацистах свободы в выборе и исполнении современного репертуара. Но ведь он всё же оставался при них главой Штатс Оперы около двух лет?! В то же время все его великие коллеги, кроме, естественно Вильгельма Фуртвенглера, были немедленно уволены ещё в апреле 1933 года из-за еврейского происхождения. Вполне возможно, что он был христианином, но нацистам на это было наплевать, как и Муссолини. Можно предположить, что Эрих Кляйбер был частично еврейского происхождения, что и послужило главной причиной его эмиграции из Европы. После недолгого пребывания в Швейцарии и Франции, он принял приглашение Театра Колонн в Буэнос-Айресе в Аргентине, где проработал до конца Второй мировой войны.
После войны он был приглашён снова на свой прежний пост музыкального директора Берлинской Штатc оперы, но она находилась теперь в советской зоне оккупации Берлина, что сразу же вызвало трения между Кляйбером и властями. Кляйбер отказался от этой постоянной работы и стал выступать с различными симфоническими оркестрами и в оперных театрах нескольких стран центральной Европы. Эрих Кляйбер умер по официальной версии от инфаркта в Цюрихе в 1956 году (это также одна из последних загадок жизни Эриха Кляйбера – в немецкой печати обсуждалась версия его самоубийства из-за отказа Венской Штатc Оперы подписать с ним контракт). Его сын Карлос находился в это время также в Цюрихе, где он уже бросил занятия химией (по мнению людей, знавших семью и Карлоса ещё в те годы – занятий химией он никогда и не начинал, а весь год в Цюрихе посвятил… девушкам!).
Но ещё до этого печального события, в 1950-м Карлос вернулся в Аргентину и начал по собственной инициативе активные занятия музыкой. В своём, вероятно единственном интервью в 1960 году на радио Штутгарта (где он позднее руководил оркестром), он подтвердил, что уехал из Цюриха в Аргентину, где начал интенсивно заниматься музыкой – гармонией, контрапунктом, игрой на рояле, ударных инструментах и литаврах. Он также учился петь и сочинял музыку. В 1952-м году он впервые дирижировал в театре города Ла Плата. Некоторые биографы указывают на то, что в эти годы он встречался со своими главными менторами: Фрицем Бушем, Бруно Вальтером и Артуро Тосканини. В 1953-м году он возвращается в Европу в Мюнхен, где начал работать в Гертнер-платц театре пианистом-репетитором.