Второй недостаток состоял в том, что из-за недооценки боевых действии по прикрытию государственной границы наиболее сильные группировки советских войск создавались в белостокском и львовском выступах, в то время как противник планировал свои главные удары под основания этих выступов. Здесь проходили стыки между военными округами и районами прикрытия (армиями), и по этой причине оборона была заведомо слабой.
Еще один недостаток заключался в том, что при определении состава группировок войск слабо учитывалась реальная дислокация входивших в эти группировки соединений.
Большинство дивизий Западного и Киевского особых военных округов, прежде чем занять оборону, должны были совершить перегруппировку на расстояние до 60 км, зачастую вдоль фронта в непосредственной близости от государственной границы. Какого-либо альтернативного варианта занятия обороны, например в глубине полосы или в районе дислокации, не предусматривалось. Сложный порядок переподчинения ряда соединений, особенно в Западном ОВО, не обеспечивал устойчивого управления ими при внезапном нападении противника. В ряде случаев исходные районы частей и соединений для занятия обороны находились в зоне видимости противника и могли поражаться огнем его артиллерии. Таким образом, уже в самом планировании закладывались предпосылки для будущих неудач советских войск.
Последние предвоенные планы по сравнению с планами лета 1940 года показывают, что значительно увеличился количественный состав войск и изменился характер их действий по прикрытию, отражению агрессии и нанесению ответного удара. Практически стиралась грань между боевыми действиями по прикрытию и первыми крупными операциями. Усиливались огневые возможности укрепленных районов, к взаимодействию с которыми все более привлекались первые эшелоны войск прикрытия. Однако замыслы командующих войсками округов были не всегда осуществимы. Значительное количество соединений, планируемых в состав войск прикрытия, находилось в стадии формирования и имело низкую боевую готовность. В то же время подсчет соотношений сил и средств проводился без учета реальной боеспособности войск.
Противовоздушную оборону планировалось осуществлять силами истребительной авиации во взаимодействия с зенитными частями и средствами ПВО общевойсковых соединений. Прикрываемая территория разделялась на районы и участки прикрытия с учетом их важности из такого расчета, чтобы каждая общевойсковая армия прикрывалась одной авиационной дивизией. Слабым местом в планировании противовоздушной обороны являлось отсутствие единого управления силами и средствами ПВО, что резко снижало возможности борьбы с воздушным противником.