Таким образом, Клавий считал, что неровность освещения Луны вызвана не горами и долинами, а неоднородной плотностью различных частей поверхности Луны, которая совершенно гладка и сферична. Это мнение пытался отстоять некто Коломбо, и Галилей выявил его полнейшую несостоятельность и на этом примере показал, что истину надо искать не в старых верованиях, а в самой природе, т. е. в данных наблюдений и опыта.
Спор о неровностях на лунной поверхности не должен показаться странным; он был вполне закономерен, так как богословы и схоластические ученые и философы не могли согласиться с Галилеем, что Луна — землеподобный мир. Что этот спор касался основ религиозного мировоззрения, ясно показал ярый противник коперниковской системы мира Ла-Галла, который в начале 1612 г., вскоре после полемики Галилея с Коломбо, выступил против Галилея с книгой «О явлениях на лунной орбите», в которой критиковал взгляды Галилея о Луне. В ней этот представитель схоластической «науки» совершенно правильно заявил, что «физический спор» о Луне перерастает в богословский спор, так как допущение на Луне гор, долин и т. д. разрушает фундамент всей схоластической философии и всего религиозного мировоззрения. Ла-Галла подчеркивал, что это мнение неизбежно ведет к крайне еретической, атеистической мысли Джордано Бруно, что Земля не является единственным миром, а человек — не цель творения.
Противники коперниканства не хотели также мириться с утверждением Галилея, что солнечные пятна свидетельствуют о вращении Солнца вокруг своей оси. Ведь факт вращения огромного Солнца должен был, конечно, служить веским аргументом в пользу аналогичного вращения гораздо меньшего тела — Земли. Астроном иезуит Шейнер заявил, что солнечные пятна не принадлежат Солнцу, а представляют собою не что иное как небольшие темные небесные тела, обращающиеся вокруг Солнца и кажущиеся темными всякий раз, когда им случается проходить между Солнцем и Землей. Но Галилей на основе огромного материала своих наблюдений блестяще опроверг это представление, за которое ухватились противники новой системы мира.
Уже после осуждения Галилей в своих заметках, относящихся к «Диалогу», писал: «Берегитесь, теологи, желающие сделать из вопроса о движении или покое Солнца и Земли догмат веры… Вы сами создаете почву для ересей, считая без всякого основания, что писание гласит то, что вам угодно, и требуя, чтобы люди знающие отрешились от собственного мнения и неопровержимых доказательств… Из двух систем одна является ясной, а другая темной; тот, кто не вовсе слеп, должен уметь различать белое; так скажите же мне прямо, что кажется вам белым?».