Предсказания Сарпи довольно скоро сбылись. Уже в конце 1611 г. во Флоренции у архиепископа Марцимедичи состоялось собрание монахов, на котором говорилось о необходимости противодействовать новым астрономическим идеям путем церковной проповеди. А в 1614 г. доминиканский проповедник Каччини выступил против Галилея в проповеди на текст из апостольских деяний: «Мужи галилейские, что стоите зряще на небо?» Хитрый доминиканец, давая свое «толкование» этому случайному совпадению слов «писания» с впечатлениями от открытий Галилея, указывал на них как на «перст божий». Он проклинал и громил суетное любопытство людей, увлекавшихся «лжемудрствованиями математиков» (к математикам тогда относили также астрономов и физиков), и доказывал, что «математика есть изобретение дьявола» и что философы, изучающие ее, как виновники всех ересей, должны быть изгоняемы из всех христианских стран. Проповедь эта произвела сильное впечатление, и вслед за нею другие служители алтаря обрушились на Галилея всевозможными цитатами из «священного писания» (словами Иисуса Навина, царя Давида и т. д.).
Однако к самому Галилею в то время было трудно предъявить формальное обвинение, так как он действовал достаточно осторожно, стараясь не выдвигать на первый план те выводы, которые вытекают из его телескопических открытий. Свой «Звездный вестник» он намеренно написал по-латыни для людей привилегированного положения («избранной публики»), и если он упомянул в нем о системе Коперника, то лишь вскользь, в рамках узко-астрономических проблем, не касаясь щекотливых для церкви вопросов. Но уже 17 мая 1611 г. в присутствии и, вероятно, по предложению кардинала Беллармина на секретном заседании конгрегации инквизиции было принято решение присмотреться к «профессору философии и математики Галилею» и выяснить, не замешан ли он в каких-нибудь ересях.
В апреле 1613 г. Галилей выпустил книгу о солнечных пятнах, в которой сделан первый, хотя и весьма осторожный, шаг в деле пропаганды учения Коперника. Книга эта была написана на итальянском языке и адресовалась к широкой публике. Коснувшись в своей работе вопроса о фазах Венеры, Галилей делает вывод: «Все это должно для каждого исключить всякую возможность сомнения в вопросе о том, как происходит обращение Венеры, и с абсолютной необходимостью ведет к заключению, что, согласно с положениями пифагорейцев и Коперника, она обращается около Солнца, вокруг которого, как около центра их вращения, движутся и все другие планеты».
Вскоре после этого доминиканский монах Лорини составил на Галилея донос римской цензуре; «галилеисты, — писал он, — утверждают, следуя мнению Коперника, что Земля движется, а небо стоит неподвижно… и что в физических вопросах больше силы имеют аргументы философские и астрономические, чем божественные и священные». Другой доминиканский монах Каччини направил свой донос непосредственно конгрегации инквизиции, и с февраля 1615 г. «дело Галилея», а следовательно, и учение Коперника стало предметом формального разбирательства, причем производилось оно в строгой тайне даже от высших церковных сановников.