Правда, было бы ошибочно утверждать, что Галилей был атеистом и последовательным материалистом, тем более, что до действительно антирелигиозного мировоззрения не дошли даже такие передовые мыслители, как Бруно, Кампанелла и другие. Но столь же ошибочно было бы думать, что Галилей был искренним католиком, ибо трудно себе представить, чтобы такой человек верил во все то, что сами папы римские называли «сказкой», хотя и весьма «выгодной» для них. Во всяком случае есть немало оснований признать, что Галилей весьма симпатизировал протестантизму и что его философские взгляды были очень близки к мировоззрению Бруно, т. е. пантеизму, который в то время имел прогрессивный характер, так как он был ступенью по пути материалистического мировоззрения.
Добиваясь свободы научного исследования, Галилей доказывал церковникам, что поспешное решение вопроса об учении Коперника должно поставить церковь в весьма неприятное положение, потому что запретить учение Коперника — значит запретить астрономию, а это скомпрометирует католическую церковь в глазах всех тех, кто знает, что календарная реформа проведена католиками на основе работы Коперника. Однако не только лютые противники Галилея, но и наиболее расположенные к нему церковники неоднократно указывали ему на явную несовместимость христианского вероучения с учением Коперника.
В начале Галилей, который был хорошо знаком с судьбой Джордано Бруно, всячески избегал выступать на почве богословия, но в конце концов он вынужден был реагировать на многочисленные прямые предупреждения своих врагов и друзей об опасности новой системы мира для христианского и всякого другого религиозного мировоззрения. Вот почему, отстаивая права науки, он вместе с тем вынужден был сделать попытку «согласования» учения Коперника со священным писанием. С этой целью Галилей попробовал также укрыться под сенью учения о двойственной истине, согласно которому наука и религия, философия и теология могут сосуществовать даже в том случае, если они утверждают противоположные вещи, так как у них нет якобы общей почвы.
Это учение, наложившее свой отпечаток на развитие научной и философской мысли, появилось в средние века. Под влиянием роста рынков и денежных богатств, ускорения темпа жизни, частичного распада натурально-хозяйственных связей и усиления роли ремесленно-торговых слоев произошло изменение идеологии господствующих классов, которое привело к возникновению схоластики — «школьной науки» (от «схола» — школа). Последняя стояла на почве католицизма и ставила своей задачей дать рациональное обоснование религиозных догматов, превратить предмет веры в предмет знания, подкрепить авторитет религии разумными доводами и, таким образом, превратить научную и философскую мысль в «служанку богословия». Несмотря на свои благочестивые намерения, схоластика все же в известной мере подняла авторитет разума, а вследствие этого приобрела противоречивый характер: сама того не желая, она поколебала монопольный ранее авторитет религии, указав на ряд случаев несовместимости веры и разума. Вследствие этого в XIII―XIV вв. схоласты стали различать две истины — истину по разуму и истину по католической вере — и допускали, что в случае расхождения этих истин следует подчинить себя вере.