После суда над Думенко его адвокат Исай Израилевич Шик говорил одному своему знакомому, тоже адвокату: «Процесс я проиграл. Мне очень мешали Буденный и Ворошилов. Но еще неясно, чем все обернется: на тюремном дворе выступали красноармейцы за Думенко». Так что Семен Михайлович сыграл определенную роль в падении Думенко, хотя роль Смилги, Белобородова и Ворошилова в этом деле неизмеримо больше. По преданию, один из бывших бойцов-думенковцев сказал Буденному, когда он после ареста Думенко объезжал строй: «Ты, Сенька, не п…ди, а играй барыню!»
В газете «Советский Дон» 9 марта 1920 года было впервые сообщено об аресте Думенко и его товарищей. Там, в частности, говорилось: «Следственная комиссия, назначенная РВС армии для расследования обстоятельств, при которых произошло убийство и розыск виновников, пришла к заключению, что убийцы Микеладзе находятся в штабе Думенко. Помимо этого о деятельности Думенко и его штаба имелись сведения, которые требовали скорейшего вмешательства РВС армии, дабы предотвратить творившиеся в штабе безобразия. Пьянство и бандитизм были явлениями обычными и действовали разлагающе на весь корпус. Политическая работа в Корпусе почти не велась, так как тов. Думенко и его приближенные не признавали никаких комиссаров и представителей Советской власти, терроризировали различными угрозами. Во время нахождения корпуса в Новочеркасске пьянство и дебоши достигли небывалых размеров. Чины штаба устраивали оргии с женщинами, производили незаконные реквизиции и конфискации. Сам Думенко поощрял все эти безобразия и преступления, громко заявляя о своих симпатиях к батьке Махно. Все эти преступления и вызвали своевременное энергичное распоряжение РВС об аресте Думенко и его приспешников. Следствие по делу Думенко впредь до приезда представителя Ревтрибунала ведет член Реввоенсовета армии т. Белобородов».
С комкором разобрались быстро и жестоко. Дело Думенко стало первым компромиссом Буденного со своей совестью – ведь совсем недавно они вместе сражались с казаками Краснова в Сальском округе и под Царицыным. Здесь сыграли свою роль соперничество с Думенко, который когда-то был командиром Буденного, а главное – опасение, что попытка выгородить боевого товарища может и его самого подвести под трибунал. Недавно появились и более экзотические версии – например, статья полковника С. Коломнина в «Независимой газете» о том, как Думенко в бытность начальником Буденного велел прилюдно выпороть его в наказание за бесчинства его бойцов. В статье говорится: «Когда двое дюжих «думенковцев» срывали с Буденного рубаху и укладывали его для порки на лавку, он в ярости протестовал: «Да у меня полный Георгиевский бант, меня даже офицер при царе пальцем не мог тронуть, а ты меня, красного конника, плеткой?!» На что стоявший рядом Думенко, посмеявшись, ответил: «Да какой ты Георгиевский кавалер, Семен, фантиков себе на базаре навесил, а так настоящие казаки не делают». Хотя автор ссылается на воспоминания каких-то «ветеранов-первоконников», его история кажется вымышленной. Телесные наказания в Красной Армии были запрещены, а уж порка одного командира другим на глазах подчиненных выглядит и вовсе нереальной.