Существование и Древней науки, и самих остатков этого общества является тайной, тщательно оберегаемой его членами. Это стремление сохранить свое существование в тайне Барченко объяснял антагонизмом древнего общества с римским Папой. Римские Папы на протяжении всей истории преследовали остатки древнего общества, сохранившиеся в других местах, и, в конце концов, полностью их уничтожили. Себя Барченко называл последователем древнего общества, заявляя, что был посвящен во все это тайными посланцами его религиозно-политического центра, с которыми ему удалось однажды вступить в связь…»
Глеб Бокий уже на первых двух допросах 17 и 18 мая «покаялся» следователям в своих прегрешениях. Сообщил об организованной в 1925 году вместе с Барченко «масонствующей» ложе. «Органы» отреагировали на последнее заявление Бокия серией арестов. Один за другим с небольшими интервалами под стражу были взяты Барченко (22 мая) и другие бывшие члены Единого Трудового Братства в Ленинграде и Москве: Шишелова-Маркова (26 мая), Кондиайн (7 июня), Шварц (2 июля), Ковалев (8 июля). Та же участь постигла и наиболее высокопоставленных «учеников» Барченко, входивших в московскую группу, – Москвина и Стомонякова.
Обвинительная формула Барченко звучала совершенно стандартно: создание «масонской контрреволюционной террористической организации Единое Трудовое Братство и шпионаж в пользу Англии».
И Бокий, и Барченко, и его «ученики» были по окончании следствия приговорены к высшей мере и расстреляны 25 апреля 1938 года. Барченко реабилитирован Военной Коллегией Верховного Суда СССР 3 ноября 1956 года.
Среди конспирологов популярно мнение, что перед расстрелом чекисты заставили ученого записать все, что он успел узнать о тайнах древних цивилизаций и паранормальных способностях человека. Рукопись эта бесследно пропала в архивах НКВД.
Есть версия, что засекреченные наработки Бокия по неизвестной причине (возможно, в связи с перепиской Барченко с профессором Карлом Гаусхофером) попали в Германию, где ими заинтересовались Аненербе. По просьбе Аненербе абвер якобы даже искал во время войны членов Специального отдела, рассчитывая выведать у последних засекреченную информацию в обмен на баснословные деньги.