Для руководства подготовкой экспедиции был создан комитет во главе с великим князем Константином Николаевичем. Было решено не соединять посольство с экспедицией Ханыкова, подготовить к весне Аральскую флотилию под командованием адмирала А. И. Бутакова. Подготовку же состава экспедиции, ее материальной части, военных сил возложить на оренбургского генерал-губернатора А. А. Катенина. Таким образом, Игнатьев, уехавший за границу, непосредственно не участвовал в подготовке посольства, что привело впоследствии к известным трудностям. Как писал Игнатьев позднее в своих воспоминаниях, Бутаков «считал Аральское море и впадающую в него Амударью своим исключительным достоянием, собираясь заведовать всеми изысканиями и стяжать исключительную славу, сопряженную со входом в эту реку первых русских военных судов», а Катенин, человек очень амбициозный, «смотрел на Оренбургскую степь и прилежащие ханства, как на свою вотчину»[59]. Он сам хотел руководить экспедицией, и назначение Игнатьева было ему неприятно. Катенин решил направить к ханствам крупный военный отряд и рассматривал посольство как часть этого отряда. Между тем Игнатьев требовал, чтобы был сохранен чисто дипломатический характер посольства, ибо военный отряд мог напугать хивинцев.
Прибыв в начале марта 1858 г. в Петербург, Игнатьев столкнулся с тем, что все было решено без него. Составом посольства он остался не совсем доволен, установленный срок отправки посольства из Оренбурга был, по его мнению, слишком поздним. Состав военного конвоя уменьшили, а число чиновников и офицеров в посольстве увеличили, и некоторых лиц Игнатьев считал совершенно бесполезными. Аральская флотилия располагала не таким большим количеством судов, на которое он рассчитывал. В ее составе было два железных парохода, построенных в Швеции, – «Перовский» (с 5 пушками) и «Обручев» (с 2 пушками), 3 баркаса и 5 шлюпов, не считая малых гребных судов[60]. В распоряжение посольства не могли быть отданы все суда.
19 апреля 1858 г. Игнатьев получил верительные грамоты и инструкции МИД и Военного министерства и выехал в Оренбург, куда прибыл 1 мая. В полученной им инструкции МИД от 18 апреля основными задачами посольства назывались:
1. Изучение ситуации в Средней Азии.
2. Упрочение влияния России в ханствах.
3. Расширение и улучшение условий русской торговли.
4. Уничтожение влияния англичан.
5. Свободное плавание русских судов по Амударье. «Открытие судоходства на этой реке составляет важнейшее из всех поручаемых вам дел, – говорилось в инструкции. – О достижении его будете стараться всеми возможными средствами»