Добился Игнатьев и укрепления состава духовной миссии в Пекине. По его настоянию Горчаков 21 октября 1861 г. написал обер-прокурору Синода о необходимости подчинения миссии наблюдению российского посланника. Состав миссии был ограничен за счет приезжих из России, на миссионерские и священнические должности рекомендовалось привлекать православных китайцев. Горчаков считал, что это «будет служить лучшему сближению миссионеров с местным населением»[219]. Во главе миссии Горчаков просил поставить епископа, который имел право рукоположения в священники (ранее главой миссии был архимандрит, такого права не имевший). Члены миссии, по мнению Горчакова, должны были хорошо знать китайский и монгольский языки и надзирать за обучением детей в училище при миссии. Горчаков также указывал на необходимость усиления контактов миссионеров с местным населением и рекомендовал их бессрочное пребывание в Китае по примеру католических миссионеров.
Учреждение дипломатической миссии и консульств, расширение торговли, активизация деятельности духовной миссии – все это способствовало улучшению российско-китайских отношений. Оставался лишь один сложный вопрос – судьба маньчжурской династии. Ее падение в результате возможной победы тайпинов представляло угрозу русским интересам в Китае. Позиция России в случае победы восстания и возведения новой династии обсуждалась на заседаниях Особых комитетов под председательством Александра II 29 июня 1861 г. и великого князя Константина Николаевича 3 марта 1862 г. Хотя Петербургу и невыгодно было падение Цинов, но участники совещаний признали, что помощи маньчжурам Россия оказать не в состоянии. Вмешательство ее в конфликт на стороне маньчжурской династии вызвало бы противодействие Европы и занятие части Китая англо-французами. Было решено в случае воцарения новой династии и признания ею русско-китайских договоров установить с ней официальные отношения. Если же в результате победы тайпинов последует распад Китая, содействовать созданию независимых Монголии и Маньчжурии и усилить там русское влияние[220]. Как известно, восстание было подавлено, маньчжурская династия осталась на престоле, и интересы России были обеспечены существующими договорами.
В сферу деятельности Азиатского департамента входила также и Япония. Хотя с ней в 50-х гг. были заключены торговые договоры, но торговля была незначительна и не составляла предмет особого внимания МИД. Гораздо важнее был вопрос о границах. В связи с западноевропейской и американской экспансией в северной части Тихого океана для России приобретали особое значение Сахалин и Курилы.