Создание Тихоокеанской эскадры требовало наличия незамерзающих баз на путях выхода в океан. Еще в марте 1861 г. русский корвет «Посадник» прибыл на один из японских островов Цусима. Его командир добился от местных властей согласия на устройство военно-морской станции для русского флота. Но когда началось строительство, последовал протест английского консула. Корвет было решено отозвать, поручив окончательное улаживание вопроса Игнатьеву. 2 декабря 1861 г. он просил Баллюзека пояснить английскому посланнику в Китае Брюсу, что стоянка корвета «Посадник» на о. Цусима была обусловлена частной сделкой и что правительство России не имеет к этому никакого отношения[221]. В действительности попытка создания базы была предпринята с ведома Александра II. Ответственность свалили на командира эскадры И. Ф. Лихачева, который был смещен со своего поста.
Игнатьев также участвовал в обсуждении другого спорного вопроса русско-японских отношений – разграничения о. Сахалин. Экономическое и стратегическое значение острова для России увеличилось с приобретением Уссурийского края. Согласно договорам, заключенным с Японией в 50-х годах, остров находился в совместном владении. Японцы неоднократно предлагали разделить его по 50-й параллели, то есть пополам. Петербург не соглашался. 23 декабря 1861 гг. Особый комитет решил предложить японцам южнокурильский остров Уруп в обмен на передачу Сахалина России либо разделить остров по 48-й или 49-й параллели, причем в этом случае к России отходили земли с богатыми каменноугольными копями[222]. Решение вопроса было отложено до визита в Петербург японского посольства, ожидаемого летом 1862 г.
Однако вопрос о Сахалине не был решен и летом. Только в 1875 г. в Петербурге был подписан договор, по которому Россия уступала японцам острова Курильского архипелага взамен признания своих прав на весь Сахалин.
Таким образом, в Азиатском департаменте Игнатьев выполнял огромный объем работы. Он часто жаловался в письмах к родителям на загруженность делами и разногласия с Горчаковым. Ему приходилось готовить много различных проектов инструкций, депеш, протоколов, вести журналы заседаний Особых комитетов и заниматься другой «бумажной» работой. Он жаждал самостоятельности. Горчаков же ценил его знания и энергию, но опасался инициатив Игнатьева, которые шли вразрез с осторожной политикой вице-канцлера (в 1862 г. Горчаков получил этот чин). Прохладные отношения Горчакова и Игнатьева выразились также и в том, что за три года работы в департаменте последний удостоился только одной очередной награды (орден Св. Анны 1-й степени), Ковалевский же получал ордена ежегодно. Игнатьев считал, что после успехов его в Бухаре и Китае он достоин лучшей участи. Осенью 1863 г. он представил Милютину план создания Степного округа, который включал бы Оренбургский край и недавно присоединенную к России Заоренбургскую степь. Александр II и Милютин сочувственно отнеслись к этому проекту. Предполагалось назначить генерал-губернатором Игнатьева. Но эти планы были сорваны Горчаковым, который не хотел отпускать Игнатьева из внешнеполитического ведомства.