21 февраля и 21 марта 1986 г. были выполнены развороты по оси крена с целью калибровки магнитометров и бортового радиокомплекса. В последнем случае требовалось определить точную ориентацию остронаправленной антенны HGA диаметром 3,65 м, необходимую для правильной обработки данных экспериментов по радиозатмению. В программе полета такие развороты фигурировали под обозначениями MAGROL и ABCCAL соответственно.
В процессе маневра 21 февраля аппарат переориентировался с Фомальгаута на Ахернар, а после научного сеанса 30 сентября – на Канопус. Последний стал его навигационной звездой на два с половиной года, почти до встречи с Нептуном.
23 февраля 1987 г. в Большом Магеллановом облаке вспыхнула сверхновая, видимая невооруженным глазом. К наблюдениям объекта SN 1987A были привлечены все наличные космические средства, в том числе и «Вояджер-2», который вел их с помощью фотополяриметра PPS и ультрафиолетового спектрометра UVS с 25 февраля по 12 марта, затем 29 марта и в последующие месяцы до июня – июля включительно. Увы, эти наблюдения не были удачными: PPS не удалось навести на объект, а поиск на UVS в коротковолновом УФ-диапазоне (50–120 нм) не дал результата из-за ограниченной чувствительности прибора и сильной фоновой засветки.
В 1987 г. состоялось четыре мини-маневра – 11 февраля, 13 мая, 13–14 июля и 7 октября. Кроме того, были сделаны три разворота для калибровки фотополяриметра по звездам – 18 марта, 15 мая и 19 октября.
Научная программа 1988 г. включала четыре мини-маневра (15 января, 28–29 марта, 2 сентября и 26 октября) и калибровку фотополяриметра 14 июля. Для полноты упомянем здесь же два мини-маневра 1989 г. – 2 февраля и 15 июня.
С помощью УФ-спектрометра UVS регулярно велись наблюдения в интересах звездной астрономии.
14 июля 1988 г. и 8 мая 1989 г. были выполнены развороты MAGROL и ABCCAL в интересах эксперимента с магнитометром и по радиозатмению, но в обоих случаях данные оказались незаписанными.
Первые результаты исследований этого этапа NASA опубликовало 15 мая 1987 г. Их представили научный руководитель проекта профессор Эдвард Стоун и д-р Алан Каммингс из Калифорнийского технологического института. Ученые сообщили, что измерения, проводившиеся на обоих «Вояджерах» в течение года начиная с октября 1985 г., позволили обнаружить среди космических лучей ядра углерода и аргона. До этого в составе космических лучей были известны ядра гелия, водорода, азота, кислорода и неона – три последних элемента были впервые найдены в 1973 г. на спутниках IMP и на КА «Пионер-10».