Для инженеров проекта это были сразу две новости, хорошая и не очень. С одной стороны, присутствие спутника в этой зоне обещало снижение радиационной нагрузки на аппарат. С другой, 30 планировщикам и кодировщикам предстояло дорабатывать программу пролета, чтобы вставить в нее хотя бы один близкий кадр с новым небесным телом. Команда из 20 навигаторов возрадовалась: регулярный близкий спутник обещал большую точность при расчете положения Нептуна, чем Тритон и Нереида, а значит, облегчал планирование и проведение коррекций. Ну а у теоретиков появилась новая головная боль: как увязать этот крупный и вполне регулярный объект с крайне экзотической орбитой Тритона? Привычный уже сценарий захвата Тритона предполагал, что в процессе «оседания» на круговую орбиту последний должен был вычистить пространство вокруг Нептуна в пределах от 5 до 100 радиусов планеты. Спутник 1989 N1 находился ближе, но недалеко от опасной границы.
22 июня с расстояния 92 млн км ученые увидели, что полярный «воротник» Нептуна между 45° и 70° ю.ш. состоит из двух отдельных облачных полос шириной до 4300 км. Похожая картина угадывалась и вокруг северного полюса планеты, хотя и с трудом – из-за неблагоприятного ракурса съемки. Специалисты полагали, что это зоны струйных потоков.
Большое Темное Пятно оказалось гигантским – до 10 000 км в широтном направлении – атмосферным вихрем с весьма активным окружением. При наблюдениях 9–12 июля на протяжении всего 53 часов ученые увидели, как яркое облако к северо-востоку от БТП отделилось от него и «зажило» самостоятельной жизнью. А на снимке за 16 июля с дистанции 57 млн км в южном темном поясе шириной 4300 км было найдено новое, совсем небольшое темное пятно с яркой центральной частью. Период его обращения оказался значительно меньше, чем у Большого Темного Пятна на 22,5° ю.ш. Так было окончательно доказано, что ветры на Нептуне имеют разную скорость на разных широтах и что ориентироваться на детали поверхности при определении периода вращения планеты, вообще говоря, нельзя.
18 июля включили для проверки ИК-радиометр IRIS, а 21–22 июля состоялась очередная калибровка PPS и UVS.
К концу июля планета начала оказывать заметное гравитационное воздействие на траекторию «Вояджера». Д-р Лэнни Миллер, глава летно-инженерного отдела проекта «Вояджер», пояснил, что возмущающее воздействие Нептуна, конечно, существовало всегда, но «вы не можете увидеть этого в данных, пока не окажетесь достаточно близко».
28 июля борт приступил к выполнению программы B903, и частота съемки Нептуна и его окрестностей достигла 100 снимков в сутки. Хотя до планеты оставалось 35 млн км, на протяжении пяти суток удалось найти еще три новых регулярных спутника, причем 30 июля на один снимок попали все три и найденный ранее 1989 N1. Расчет орбит новых тел «сошелся» 1 августа, и на следующий день JPL объявила об открытии.