Вторую коррекцию выполнили 23–24 марта, опять же, в два импульса – около 22:00 и 12:00 UTC. Их величины были 1,18 м/с в направлении от Земли и затем 2,14 м/с на торможение под предельным углом отклонения 24°, что соответствовало суммарному импульсу 1,16 м/с. Цель маневра состояла в том, чтобы свести к минимуму ошибки точки прицеливания в пространстве и желаемого момента прибытия. Коррекция сдвинула перицентр на 12 575 км ближе к планете, а время пролета сместилось на 2 ч 36 мин вперед от текущего прогноза, а именно на момент 02:33 UTC.
Стоит заметить, что маневрировать «Пионеру» приходилось в условиях значительной неопределенности. Во-первых, выбор точки прицеливания ограничивался неточностью модели движения планет Солнечной системы: в это время положение самого Юпитера, а значит, и его спутников, включая Ио, умели прогнозировать лишь с погрешностью около 1400 км. Во-вторых, специалисты пока не могли оценить, как будет меняться ожидаемое время прибытия с учетом плохо прогнозируемых факторов негравитационного характера, таких как давление солнечного света на КА. Пока отклонение на семь минут от оптимального момента устраивало навигаторов, но нужно было посмотреть, как этот прогноз будет меняться со временем. Оставшегося запаса скорости в 170 м/с было более чем достаточно для компенсации любых отклонений.
Тем временем 5 марта на КА начал работать телескоп космических лучей CRT, а 10 марта включили фотополяриметр IPP. К 13 марта функционировала уже вся научная аппаратура, за исключением ИК-радиометра, который проверили в первой половине мая. Он был особенно чувствителен к засветке Солнцем, которая на начальном этапе полета была очень значительной. Ось вращения изначально была направлена на Землю, и угол между нею и направлением на Солнце был равен 26°. Чтобы «зонтик» антенны HGA лучше затенял служебную аппаратуру и аккумуляторную батарею, ось вращения пришлось даже немного отвернуть от Земли, тем более что пока связь шла через антенну MGA с достаточно широким лучом.
Многих участников проекта беспокоила зона вблизи орбиты Марса, где в 1963 и 1965 гг. прекратили работу советские аппараты «Марс-1» и «Зонд-2», а 30 июля 1969 г. на семь часов прервалась связь с американским «Маринером-7». Последнее событие, случившееся за шесть суток до встречи с Марсом, было очень похоже на результат столкновения с крупной пылевой частицей. С учетом прежнего опыта – причины отказов двух советских станций в США не знали – саму эту область вроде бы в шутку (но не совсем) называли местом обитания Великого галактического вампира. Если говорить всерьез, то одной частицы диаметром 0,5 мм и выше было бы достаточно, чтобы существенно повредить земной зонд.