Вскоре после этого Помпей решается перевести свою конницу в Дирахиум, чтобы оттуда бросить ее на сообщения Юлия Цезаря; но, узнав об этом вовремя, Цезарь высылает отряд на узкий перешеек, соединяющий город с материком, который устраивает здесь сплошную линию укреплений и таким образом преграждает пути коннице.
26 мая Цезарь получил возмездие за разброску сил: Помпей произвел нападение на крайний участок левого фланга его позиции, от которого отходил путь отступления армии Цезаря к закрепленным пунктам базы. Одновременно был произведен десант в тыл окопов; войска этого крыла были уничтожены, и Помпей утвердился на занятой позиции. Цезарю пришлось сняться с позиции и отступить к Аполлонии.
После понесенной неудачи Цезарь решает двинуться в глубь страны, чтобы угрожать временной столице Помпея, городу Лариссе и войскам Сципиона, пришедшим на подкрепление Помпею. Этим движением он надеялся оттянуть Помпея от моря внутрь страны, 1 июня Цезарь, усилив гарнизоны и закрепления Орикума, Аполлонии и Лиссуса (своей базы), начинает движение в богатую долину Фессалии. Помпей, оставив гарнизон в Дирахиуме, двигается по параллельной дороге к Лариссе на соединение с Сципионом.
Соединившись с Домицием, Цезарь двинулся к Лариссе, но Помпей успел преградить к ней путь, заняв сильно укрепленную позицию у Фарсалы. Цезарь тоже стал в закрепленном лагере. Опять начинается выжидательная деятельность Помпея с 60 000, опасавшегося дать бой 25 000 Цезаря, который ежедневно выстраивает армию, а Помпей в ответ на это выстраивает свою около укреплений, предлагая Цезарю атаковать его в укрепленной позиции, в то же время кавалерией открывает усиленные действия на его сообщения.
Снова положение Цезаря делается невыносимым: он уже решается прибегнуть к маневрам, чтобы выманить противника из его укреплений. Уже было отдано распоряжение о передвижении армии к Скатусе, ближе к побережью, в тыл армии Помпея, как вдруг 29 июня Цезарю доносят о построении боевого порядка армией Помпея, и не на высотах, а на равнине далеко впереди укреплений. Следовательно, партия действия восторжествовала в лагере Помпея и он решился дать сражение.
Сражение при Фарсале (29 июня 48 г. до Р. X.). Армия Помпея состояла из 47 000 пехоты, из 7000 конницы и около 30 000 вспомогательных войск, всего до 90 000 войск. Цезарь имел 22 000 линейной пехоты, 1000 конницы и около 20 000 вспомогательных войск, всего 42 000—43 000 чел. Обе армии строились в 250–300 шагах одна от другой: армия Цезаря в три линии, имея на правом фланге конницу вперемешку с когортами лучшей пехоты. Кроме того, за правым крылом Цезарь поставил 6 отборных когорт