В город приезжает Circos[61]
Клинический генетик Серена Ник-Зайнал занялась онкологическими исследованиями не из-за какой-то особой страсти к поиску волшебного лекарства, а из интереса к технологическим новинкам. Ее завораживало секвенирование нового поколения – революционная технология считывания ДНК, которая наконец позволила анализировать десятки, сотни или даже тысячи полных геномов рака быстро и дешево.
К 2009 году, когда она поступила в аспирантуру Института Сэнгера в Кембридже, исследователи сосредоточились на классификации рака в соответствии со списком генетических мутаций, присущих тому или иному типу опухоли[62]. В итоге исчезло такое понятие, как «рак молочной железы»: ему на смену пришли по крайней мере десять отдельных типов опухолей, каждый из которых отличается собственным набором генетических изменений. Аналогичным образом теперь существуют и не менее четырех видов рака кишечника, причем каждый имеет свои особенности и поддается специфическому типу лечения.
По мере того как поступало все больше данных, извлекаемых из сотен, а затем и тысяч образцов, становилось все очевиднее, что не бывает и двух похожих видов рака. Даже те опухоли, которые зарождаются в одной и той же ткани и выглядят так, будто они принадлежат к одному подтипу, могут иметь абсолютно разные наборы драйверных мутаций. Постепенное раскрытие исследователями подлинных масштабов генетической мозаики уникальных клонов, обосновавшихся внутри индивидуальной опухоли и способствующих развитию резистентности, еще более усложняло картину.
Сейчас Ник-Зайнал, возглавляющая собственную исследовательскую группу на факультете медицинской генетики Кембриджского университета, решила немного отойти от «геноцентричного» воззрения на рак. Вместо того чтобы сосредоточиться на наличии или отсутствии специфических мутаций в отдельной опухоли, она изучает более широкий ландшафт генетических повреждений, отыскивая в различных видах рака общие закономерности, которые способны объяснить лежащие в его основе биологические процессы и обозначить наиболее эффективные способы лечения.
Приступив к изучению целостных геномов различных видов рака, она и ее команда обнаружили, что существуют устойчивые закономерности повреждений, а их обобщение имеет больше смысла, чем простое составление списка отдельных драйверных мутаций. Запустив презентацию на экране своего компьютера, она показывает мне весь геном опухоли молочной железы 47-летней женщины, изображенный на визуальной диаграмме Circos. Картинка представляет собой большой круг с вписанными в него фрагментами разноцветных колец, пересеченных множеством непрерывных и разорванных тонких линий. Это немного похоже на замысловатые узоры мандалы, которые я рисовала на своем спирографе в детстве.