Монастыри по-прежнему были свободны от всяких повинностей в пользу государства. Количество монастырских угодий настолько увеличилось, что правительство начало подумывать об ограничении дальнейшего расширения монастырской земельной собственности. Но увеличение материального благосостояния монастырей вредно отразилось на нравственной стороне монастырской жизни. Падает дисциплина, многие монахи живут в частных домах. В монастырь идут, как в прибежище и избавление от государственных повинностей, чтобы избежать тягла и службы государству.
Три собора – Владимирский (1274 г.), Виленский (1509 г.) и Стоглавый (1551 г.) выработали ряд мер к тому, чтобы преградить доступ к занятию священнических мест лицам порочной жизни, малограмотным и несведущим.
Материальное положение низшего духовенства было весьма незавидным. Новых источников дохода по сравнению с домонгольским периодом не прибавилось, а расходы как в пользу государства, так в пользу высших духовных властей увеличились в невероятной степени. В пользу государства оно, несмотря на свое привилегированное положение, которое было признано и монголами, вносило все подати, падавшие на так называемые «черные» земли, участвовало в расходах на ратное дело, на городское строительство. С другой стороны, оставаясь тяглым по отношению к архиерею, оно должно было нести на себе бремя расходов на содержание архиерейского двора, которое тоже с течением времени возрастало, так как епископы в своей жизни подражали митрополиту, а двор митрополита по роскоши был похож на двор удельных князей. На этой почве часто происходили насилия, побоища и бунты. В монгольский же период рельефно наметилось и обособление духовенства от других сословий, и выделение его в отдельное сословие – духовное, которое вполне сложилось в последующие периоды жизни государства. Выделение духовенства из других сословий происходило постепенно и естественным путем. Духовенство более других сословий учило своих детей Священному Писанию и порядку отправления церковных служб, а потому именно в семьях духовенства всегда было наибольшее число кандидатов священства.
Положение высшего духовенства в этом периоде продолжает оставаться столь же почетным и высоким, как и в первый, домонгольский период. Высшее духовенство – епископы и митрополиты помогают светской власти при ее сношениях с татарами, при ближайшем участии духовенства пишутся княжеские грамоты, которые начинаются словами «по благословению отца нашего митрополита» и скрепляются митрополичьей подписью и печатью; митрополит разбирает ссоры князей, перед ним они заключают договоры между собой.