К концу монгольского периода привилегии высшего духовенства заметно сокращаются, что объясняется возвышением власти московского князя. В льготных грамотах митрополитам предоставляется уже меньше прав по сравнению с древними уставами и ярлыками. В своем отношении к митрополитам великие князья часто стараются проявить свое преимущество и власть над ними. Иоанн III за неподчинение и самостоятельность едва не отказал митрополиту Геонтию в кафедре, а Василий III заточил в монастырь митрополита Варлаама. При Иоанне IV митрополит Филипп умер насильственной смертью, и высшая церковная власть не могла протестовать против такого явного нарушения канонических правил, как женитьба Иоанна IV в 6-й раз. При Василии III и Иоанне IV нарушается обычай утверждения великим князем выбора церковного собора. И тот, и другой иногда назначают митрополитов самостоятельно, руководствуясь лишь своим желанием.
В 1589 г. учреждено на Руси патриаршество, и с этого года начинается третий период в жизни духовенства – патриарший, продолжавшийся до 1700 г., когда по воле Петра Великого патриаршество было уничтожено. Патриаршество не являлось расширением духовной власти. Патриаршество отличалось лишь большим внешним блеском, но власть патриарха не была шире, чем власть прежнего митрополита. Как и митрополит, патриарх избирался собором русских епископов и утверждался царем. Но выборы в патриархи Иова, Филарета, Никона и др. свидетельствовали о том, что желание царя в деле избрания имело главное и решающее значение.
Смутное время, когда патриарх и духовенство приняли в политической судьбе страны самое близкое участие, было моментом высшего развития патриаршества, и при патриархе Филарете его власть была равносильна царской. Большое усиление власти патриарха Никона было лишь следствием особого расположения и доверия к нему царя. К эпохе реформ Петра Великого духовенство представляло собой сословие сложившееся, с определенными чертами.
Петр I старается урегулировать церковное землевладение. Церковные вотчины подчиняются контролю государства. Архиереи и монастыри устраняются от управления своим хозяйством. Им выдается определенное жалованье, а излишек от этих сумм поступает в казну. Монахи прикрепляются к тому монастырю, за которым записаны по переписи монастырского приказа. Этим стремились достигнуть ограничения бродяжничества монахов, которое к тому времени приняло крупные размеры. В конце царствования Петра I церковные вотчины были освобождены от контроля государства и опять всецело перешли в ведение духовной власти.