Но в империи было ещё два течения, которые представляли собой определённые проблемы — это несториане и монофизиты. Если несториане выделяли больше человеческую природу Иисуса Христа, то монофизиты её полностью отрицали, настаивая на одной лишь божественной. Вышеупомянутый Халкидонский собор осудил и несторианство и монофизитство, однако последние сохраняли большое влияние в восточных провинциях Византии, в то время как халкидониты утвердились в Константинополе, на Балканах и в Западной Римской империи.
Теперь же вернёмся к Зенону. В 475 году он стал императором (правил в 475–491 гг.) после смерти своего сына. Пока империя была внутренне нестабильна, о возвращении Италии, где утвердился Одоакр, не приходилось и мечтать. Зенон как император не был принят ни народом, ни приближёнными. Вдова Льва I Верина (лат. Aelia Verina,? — 484 гг.) возглавила заговор против Зенона и возвела на престол своего брата Василиска (лат. Flavius Basiliscus Augustus, правил в 475–476 гг.). Зенону и Ариадне пришлось бежать в Исаврию.
Однако Василиска власть не интересовала вовсе, он полностью предался развлечениям и разврату. И уже через год Зенон вновь обрёл власть. Но ему пришлось столкнуться с ещё одной проблемой — в 484 году восстание подняли соплеменники Зенона — исавры. Гражданская война продлилась четыре года, и с её завершением дела внутри Византии были более-менее улажены.
Обеспечив стабильность своей власти, Зенон начал всерьёз задумываться о восстановлении Римской империи. Первым делом необходимо было возвратить под контроль императора Италию, но у Зенона было недостаточно войск, чтобы её отвоевать. Но выход нашёлся: император вступил в переговоры с Теодорихом (лат. Theodoricus, 454–526 гг.), вождём остготов, которые в то время проживали на Балканах, и их присутствие на полуострове было нежелательно. Таким образом Зенон решил две проблемы: в 488 году он назначил Теодориха магистром армии (magíster mílitum) и отправил воевать в Италию.
Войскам Теодориха без особого труда удалось разгромить основные силы Одоакра в нескольких сражениях, но самопровозглашённый правитель Италии укрылся в Равенне (лат. Ravenna), городе, расположенном в десяти километрах от Адриатического моря и окружённом труднопроходимой болотистой местностью. Взять приступом равеннскую крепость Теодориху не удалось, и осада тоже порядком затянулась, и в марте 493 года он вступил в переговоры с Одоакром и обманом захватил крепость.
Теодорих и Одоакр договорились править в Италии совместно как два равных правителя. Но уже через 10 дней, в разгар торжества, Теодорих зарубил Одоакра мечом, чего, собственно, и следовало ожидать в ближайшее время. Так Теодорих сделался основателем Королевства остготов и единоличным правителем Италии (правил в 493–526 гг.), однако он до конца своего правления поддерживал видимость, что правит исключительно по воле византийского императора.