По возвращении в Советский Союз генерал-майор Чаус был назначен на должность начальника штаба Прибалтийского военного округа, который дислоцировался в тот переломный период истории на территории Литовской, Латвийской, Эстонской Советских Социалистических Республик и Калининградской области. Он прошел обучение на Высших курсах при Академии Генерального штаба Вооруженных Сил СССР.
К тому времени сепаратизм и национализм в самых худших проявлениях уже овладели частью политиков. И они, не просчитывая в перспективе возможные последствия, не думая о далеком будущем, уверенно и самозабвенно, с энтузиазмом, достойным лучшего применения, работали на окончательный демонтаж великой страны.
Петр Григорьевич в тех кризисных, чреватых массовым кровопролитием, условиях не только показал себя опытным руководителем штаба округа, но и проявил немалый дипломатический и политический такт при решении сложнейших практических вопросов с руководством тогда еще союзных прибалтийских республик. Политическая воля союзного центра, вернее, отсутствие таковой катализировало те процессы, плоды которых ныне пожинают новые поколения людей, родившихся в другой эпохе, уже в других странах, получивших независимость вне бывшего СССР.
В августе 1991 года генерал-лейтенанта П. Г. Чауса назначили начальником Института военной истории СССР, хотя это был, конечно, не его путь. И он это понимал. Так и не вступив в руководство институтом, Петр Григорьевич принял другую предложенную в белокаменной должность - начальника штаба Гражданской обороны СССР. Это решение, как оказалось в дальнейшем, круто изменило его судьбу.
Находясь в конце 1991 года в Минске в командировке по линии своего ведомства, генерал-лейтенант Чаус получил предложение возглавить формируемое Министерство по делам обороны Республики Беларусь. О многом он тогда передумал, вспоминая 38 лет безупречной службы в Советской Армии, Афганистан и свое желание когда-нибудь вернуться на Родину...
Беларусь становилась на путь суверенности, воссоздания своей государственности, и стремление быть вместе со своим народом победило. Новая должность при одновременном существовании Краснознаменного Белорусского военного округа во главе с его амбициозным командующим поставила перед генерал-полковником Чаусом ряд новых непростых задач, решать которые в сложной политической и экономической ситуации приходилось буквально на ходу. Здесь были и размещение войск, прибывающих из-за границ страны, и разработка новых законодательных актов, и возвращение на Родину солдат и офицеров-белорусов из других военных округов, и самое главное - сохранение боеспособности и боевой готовности войск в условиях их сокращения. Пришлось участвовать и в решении вопроса, связанного с наличием на территории республики большого количества ядерного оружия из бывшего арсенала СССР.