Подобное необычное намерение тем более удивило великого герцога, что принцесса находилась на четвертом месяце беременности. Наблюдение за принцессой было усилено, и тогда, поняв, что побег становится невозможен, она возымела странное для будущей матери желание — избавиться от ребенка. Сначала она стала ездить верхом, причем выбирала самых норовистых лошадей, подходящих для исполнения ее замысла; затем, когда ей это запретили, она стала совершать долгие пешие прогулки и однажды прошла семь миль по распаханным полям; наконец, когда все средства повредить ребенку были исчерпаны, она обратила ненависть против себя самой и попыталась уморить себя голодом. Только осмотрительность и мягкая настойчивость великого герцога Фердинандо смогли заставить ее отказаться от этого решения и выносить плод до положенного срока, после чего у нее родилась дочь, принцесса Анна Мария Луиза.
Вслед за этим великий герцог пустил в ход уже испытанное средство — снова отправил сына в путешествие и послал новое письмо Людовику XIV. И в самом деле, в октябре того же года Козимо, убедившись, что жена по-прежнему испытывает к нему отвращение, покидает Палаццо Питти и путешествует инкогнито по Германии и
Голландии; он посещает Инсбрук, плывет вниз по Рейну, к восхищению голландских и немецких ученых беседует с ними на безупречной латыни, встречается в Гамбурге со шведской королевой Кристиной, приветствует ее решение отречься от протестантизма, а затем возвращается в Тоскану, где его приезду радуются все, кроме жены. Огорченный таким неважным приемом, Козимо вновь отправляется в путь, на этот раз в Испанию, Португалию, Англию и Францию и возвращается домой, лишь когда ему сообщают, что великий герцог при смерти. После кончины отца он занимает освободившийся трон, и тут выясняется, что его продолжительное отсутствие и приказы Людовика XIV произвели желаемое действие. Между супругами происходит примирение, и 24 мая 1671 года, ровно через год после того, как Козимо взошел на трон, принцесса родила в Палаццо Питти второго сына, который при крещении получает имя Джованни Гастоне, в честь деда по материнской линии.
После его рождения ссоры между супругами вспыхивают снова, но теперь у Козимо двое сыновей и он не боится остаться без наследника. Потеряв надежду, что чувства жены к нему когда-нибудь изменятся, и в конце концов наскучив ею так же, как она с давних пор наскучила им, он разрешает ей вернуться во Францию, но с условием, что она уйдет в монастырь. По общему согласию они выбирают Монмартрский монастырь, аббатисой которого была Мадлен де Гиз: 14 июня 1676 года великая герцогиня покидает Тоскану и после пятнадцати лет изгнания снова видит свою горячо любимую Францию. Но едва оказавшись в Париже, она заявляет, что муж прогнал ее и она не считает себя обязанной выполнять вырванное у нее силой обещание уйти в монастырь, так что в конечном итоге виновником этого скандала был выставлен Козимо, которого государи соседних стран уже стали презирать за слабость, а его подданные начали ненавидеть за гордыню.