К этому времени в Москве оформилась система министерств — «Приказов»: Казенный (финансовый), Посольский, Поместный, Разрядный (военный) и другие. Из этих учреждений вышли дельные соратники молодого царя, начавшие реформировать управление. Из них сложилась небольшая группа советников, которая встала над Боярской думой и в руках которой сконцентрировалась реальная власть. Эту группу советников впоследствии прозвали Избранной радой. Во главе этой группы стояли два незнатных человека: казначей Алексей Адашев и священник Сильвестр, духовник царя. Сильвестр был ярким проповедником и обладал даром внушения. Он психологически подчинил себе молодого царя и внушил ему страх перед Богом, желание заслужить вечное спасение добрыми деяниями и покровительством церкви. Сильвестр и Адашев начали робкие реформы устарелого административного устройства России, основанного на «кормлениях» (даче областей на откуп воеводам) и местничестве.
Но влияние Сильвестра беспокоило родственников царицы, оттесненных от кормила правления. Они нашептывали царю, что поп Сильвестр посягает на царские функции, слишком много на себя берет и фактически оттесняет царя от власти. Наговоры возбуждали природную подозрительность царя и играли на его самолюбии. Особенный гнев царицы и ее родных вызвало поведение Сильвестра и Адашева во время тяжелой болезни царя. Готовясь к смерти, даже приняв от митрополита монашеский чин, царь предложил своим приближенным присягнуть маленькому царевичу Дмитрию, его сыну от Анастасии, тогда еще живому, но советники, испугавшись нового боярского засилья при малолетнем царе, взяли сторону Владимира Андреевича Старицкого, двоюродного брата царя. Этого царь не мог им простить, когда выздоровел. Обоих советников заподозрили и в смерти царицы: извели, мол, ее колдовством. Советники угодили в опалу. Сильвестр был сослан простым монахом в Соловки, Адашев — комендантом захваченной в Ливонии крепости Феллин (ныне Вильянди, Эстония), где вскоре и умер.
Царь был убежден в своем праве на всевластие, в святости и божественности своего призвания по самому происхождению. Это у других народов («о безбожных языцех что и глаголати!») властители не сами владеют государствами, а «как им повелят работные их, так и владеют, — писал он своему беглому критику князю Курбскому. — А Российское самодержавство изначала сами владеют своими государствы, а не боляре и вельможи». Расправляться с ними сам Бог велел. «А жаловати есмя своих холопей вольны, а и казнити вольны же есми были» (Первое послание…).