Теперь, чтобы выявить измену, царь сам спровоцировал тайные письма от литовского короля к своим воеводам и следил за их реакцией. Хоть они и отказались изменить царю, он не поверил. Пригласив в 1568 г. во дворец главного воеводу, Ивана Петровича Федорова, царь велел ему одеться в царские одежды и воссесть на царский трон. Преклонившись перед ним и сказав, что дал ему насладиться той властью, о которой Федоров якобы тайно мечтал, царь воскликнул, что как он его вознес, так и низвергнуть волен — и ударил его в сердце ножом. Затем были преданы казни его родичи, а также родные и единомышленники митрополита Филиппа (Колычева), не одобрявшего царских расправ.
Четвертая волна казней, 1569 года, сопровождала расправу над двоюродным братом Владимиром Андреевичем Старицким. Он был обвинен в умышлении отравить царя через царского повара. Владимиру и его жене было велено самим испить яда, и царь со сладострастием наблюдал, как они корчились в смертных муках. Тогда же Скуратовым по велению царя был задушен в своей монашеской келье сосланный бывший митрополит Филипп. Последовал разгром Твери, затем Новгорода Великого — оба сопровождались массовыми казнями жителей и разграблением их усадеб. После разгрома царем собственных городов по всей стране заговорили о том, что Бог покарал царя душевной болезнью — «болети неисцелно ему сотворити». Отмечали припадки бешенства, во время которых царь приходил «как бы в безумие», на губах выступала пена, и он «бесился на встречных».
Царь же выискивал тайное сочувствие Новгороду. В 1570 г. в заговоре были обвинены хранитель печати Иван Михайлович Висковатый и казначей Никита Фуникович Курцев, а им были подысканы сотни сторонников. Пятая волна казней была не слабее предшествующих. Как описывают австриец Альбрехт Шлихтинг и другие свидетели, в Москве было поставлено 18 широких виселиц, зажжен был высокий костер, а над ним повешен огромный чан с водой. На площадь для публичной казни было выведено несколько сот человек, измученных пытками. Висковатого, раздетого догола, повесили вверх ногами, и царь повелел своим приспешникам доказывать свою верность, отрезая куски тела подвешенного. Малюта Скуратов первым отхватил ему нос, кто-то другой — ухо. Затем прочие стали отсекать кто что горазд. Когда же подьячий Иван Реутов отсек половые части, Висковатый испустил дух. Негодующий царь в гневе велел подвергнуть Реутова самого тому же наказанию, раз он так необдуманно сократил мучения Висковатого (выполнить не успели, царь передумал). Курцева обливали попеременно кипятком и ледяной водой, пока кожа с него не слезла, как с угря, и он умер.