В Польше силы специального назначения СС продолжали убивать евреев в городах, которые оказывались под контролем Германии. 20 сентября оперативный отдел 14-й немецкой армии сообщал, что в войсках растет беспокойство «из-за в большинстве своем незаконных действий», предпринимаемых на занятой армией территории специальными силами под командованием генерала фон Войрша. Солдаты были особенно недовольны тем, что эсэсовцы фон Войрша, вместо того чтобы сражаться на фронте, «вынуждены демонстрировать свою храбрость перед беззащитными гражданскими». Фельдмаршал фон Рундштедт немедленно заявил, что более не потерпит нахождения в зоне боевых действий специальных сил СС фон Войрша, и потребовал прекращения антиеврейских мероприятий, которые уже начались в районе Катовице.
Кризис, возникший в отношениях между профессиональными военными и эсэсовцами, разрешить было нельзя. Теперь подготавливались куда более масштабные планы. 21 сентября Рейнхард Гейдрих созвал командиров всех частей СС в Польше на экстренное совещание в Берлин. Офицеры, которые не смогли присутствовать, получили по итогам дискуссии секретные записки. В них говорилось, что «конечная цель» политики Германии в отношении евреев должна храниться в «строгой тайне», а ее достижение займет «продолжительное время». Вместе с тем в качестве предварительного требования для выполнения «конечной цели» следовало сконцентрировать евреев в ряде крупных городов. Евреев, живших вне этих городов, и в особенности евреев Западной Польши, надлежало туда депортировать. Западная Польша должна быть «полностью очищена от евреев». Все сельскохозяйственные земли, принадлежавшие евреям, следовало у них изъять и «поручить заботе» местных немцев или даже польских крестьян. Депортированных в города евреев предполагалось запереть в одном конкретном квартале, запретив им появляться в других частях города. Своевременное исполнение приказов немцев относительно передвижения евреев предполагалось возложить в каждом городе на совет еврейских старшин. В случае «саботирования таких инструкций» советам грозили «самые строгие меры».
План Гейдриха по возрождению в XX в. средневекового понятия гетто замышлялся лишь в качестве первого шага в направлении того, что он и его коллеги по СС называли «окончательным решением еврейского вопроса». Этот план, однако, не привел к прекращению айнзацгруппами убийств, которые уже вызвали протесты вермахта. 22 сентября, на следующий день после совещания с Гейдрихом, III айнзацгруппа прибыла во Влоцлавек; «еврейская акция» продлилась там четыре дня. Были ограблены еврейские магазины, взорваны синагоги города, десятки наиболее видных евреев схвачены и расстреляны. Даже не дожидаясь окончания этой акции, Эйке приказал командиру группы отправить два батальона в Быдгощ (Бромберг), чтобы провести там еще одну «акцию» против польских интеллектуалов и муниципальных руководителей. В результате этого приказа 23 и 24 сентября, меньше трех недель спустя после первых массовых неизбирательных убийств, в городе были расстреляны 800 поляков.