Одним из очевидцев убийств гражданских лиц был адмирал Канарис, начальник секретной службы разведки немецких вооруженных сил. 10 сентября он поехал к линии фронта, чтобы наблюдать за немецкой армией в действии. Куда бы он ни направился, везде служащие его разведки докладывали ему об «оргии резни». Польских гражданских лиц заставляли рыть братские могилы, выстраивали на их краю и скашивали пулеметным огнем. 12 сентября Канарис отправился в штабной поезд Гитлера, а затем — в Ильнау в Верхней Силезии, чтобы выразить протест. Первым он увидел генерала Вильгельма Кейтеля, начальника штаба верховного командования вооруженных сил. «Я располагаю информацией, — сказал Канарис Кейтелю, — что в Польше планируются массовые казни и что к истреблению назначены представители польского дворянства, а также епископы и священники католической церкви».
Кейтель стал убеждать Канариса оставить этот вопрос. «Если бы я был на вашем месте, — произнес он, — я бы не лез в это дело. Решение о проведении его принял сам фюрер». Кейтель добавил, что начиная с этого момента у командования каждой немецкой армии в Польше будет гражданский начальник наряду с военным. Гражданские должны были заниматься тем, что Кейтель назвал программой «расового истребления». Несколько мгновений спустя Канарис увидел Гитлера, но ничего ему не сказал. Потрясенный всем, что услышал, он вернулся в Берлин; его лояльность фюреру сильно ослабла. Бывший мэр Лейпцига и один из противников Гитлера с 1933 г., Карл Гёрделер, сказал товарищу, который также был против нацизма, что Канарис возвратился из Польши «совершенно разбитым» «бесчеловечным поведением» Германии на войне.
То, что Кейтель называл программой «расового истребления», ее разработчики именовали по-другому. 13 сентября, день спустя после визита Канариса в поезд Гитлера, айнзацгруппа III, сформированная из Бранденбургского полка дивизии СС «Мертвая голова», начала проводить «меры по дезинфекции и установлению безопасности». По ее отчетам, в их число входили аресты и расстрелы большого числа «подозрительных элементов, грабителей, евреев и поляков», многие из которых были убиты «при попытке к бегству». Всего за две недели айнзацгруппа оставила позади себя кровавый след более чем в тринадцати польских городах и селах.
Теперь бои сосредоточились вокруг Варшавы, которую яростно бомбили немецкие бомбардировщики. Один из пунктов, по которым Канарис выражал протест Кейтелю, заключался в «разорении» польской столицы. 14 сентября бомбардировка была особенно жестокой. Для 393 000 варшавских евреев, составлявших треть городского населения, то был священный и обыкновенно счастливый день — еврейский Новый год. «Как только синагоги заполнились людьми, — отметил польский очевидец в дневнике, — Налевки, еврейский квартал Варшавы, были атакованы с воздуха. Бомбардировка оказалась кровопролитной». В этот день немецкие войска вошли в южный польский город Перемышль на реке Сан, 17 000 жителей которого, одна треть населения, были евреями. Сорок три наиболее видных горожанина-еврея были тут же арестованы, жестоко избиты и застрелены. Среди них был Асшер Гиттер, сын которого, как и множество других сыновей польских евреев, эмигрировал в Соединенные Штаты, надеясь, что когда-нибудь отец к нему присоединится. В тот же день пять евреев и два поляка были расстреляны в городе Серадзе. В Ченстохове немецкая гражданская администрация приказала передать всю промышленную и торговую собственность евреев «арийцам» вне зависимости от того, бежал ее владелец из города или остался. В Пётркуве был издан декрет, запрещавший евреям находиться на улицах после пяти часов вечера; двадцатисемилетний Гетцель Френкель, возвращавшийся домой на пять минут позднее установленного времени, был застрелен за нарушение приказа.