Однако нейтралитет интервенты соблюдали недолго. В ночь на 12 марта японский гарнизон под командованием майора Исикава, по-самурайски вероломно нарушив недавнее соглашение, внезапно атаковал казармы партизан и их штаб. Однако нападавшие не добились желаемого и не застали амурских партизан врасплох. В ходе кровопролитных трехдневных боев японский гарнизон оказался наголову разгромленным и изгнанным из города.
Несколько позднее, после очищения Амура ото льда, в Николаевск-на-Амуре на военных судах прибыл крупный японский экспедиционный отряд с карательными функциями. Партизаны из-за своей малочисленности и плохой вооруженности, отсутствия боеприпасов не могли защищать освобожденный город и ушли из него вместе с местными жителями. Японцам, по сути дела, без боя достался обезлюдевший город, который прикрывал собой устье реки Амур».[14]
Желая отомстить за поражение в Николаевске-на-Амуре, японские каратели организовали в Приморье массовую резню – было убито и ранено свыше пяти тысяч человек, в их числе в топке паровоза сожжен один из руководителей Дальнего Востока Сергей Лазо. В апреле 1920 г. японцы силой разогнали во Владивостоке и других городах Приморья и в Хабаровске органы власти, разоружили местные войска. Под предлогом «защиты жизни и собственности соотечественников» в этом же месяце японские войска оккупировали Северный Сахалин.
Так как изгнание японских оккупантов с российской территории было признано советскими властями делом «сейчас непосильным», советское правительство в целях временного мирного урегулирования в восточных районах страны решило пойти на создание «буферного» демократического государства на Дальнем Востоке. 6 апреля 1920 г.
Учредительный съезд трудящихся Забайкалья в Верхнеудинске провозгласил образование самостоятельной Дальневосточной республики (ДВР), включившей в свой состав территорию от Байкала до Тихого океана. Одновременно советское правительство предложило Японии прекратить военные действия на Дальнем Востоке.
Неся потери в столкновениях с частями армии ДВР и партизанами, японцы согласились на переговоры. 14 июля 1920 г. между правительством ДВР и командованием экспедиционных войск на Дальнем Востоке был подписан договор о перемирии, после чего японские войска были выведены из Забайкалья. Потеряв поддержку японцев, бежали в Маньчжурию банды атамана Семенова. После своего освобождения Чита стала столицей Дальневосточной республики. Хотя японцы продолжали оккупировать Приморье и не желали отказываться от планов подчинения себе входящих в ДВР сибирских территорий, ситуация складывалась не в их пользу. В принятом 4 августа 1920 г. постановлении японского правительства говорилось: «Общее положение в Европе, победы советских армий на польском фронте, возрастающая опасность со стороны советского правительства, ощущаемая антипатия со стороны Соединенных Штатов и Китая, шаги, предпринятые Америкой в вопросе о Сахалине, общая подготовка Соединенных Штатов к войне… препятствуют нам полностью проводить наши политические проекты в Сибири… Операция против Амурской области должна быть приостановлена, но войска следует держать наготове».