Однако в действительности пассивность японского бизнеса в отношении России объяснялась не столько нерешенностью территориальной проблемы, сколько отсутствием в России привлекательного инвестиционного климата. Политическая нестабильность, законодательная чехарда, повсеместная коррупция, разгул организованной преступности – все это отпугивало японских бизнесменов, привыкших к понятным и безопасным правилам ведения международной торговли и экономического сотрудничества с зарубежными государствами. Россия негласно была объявлена «зоной повышенного риска для бизнеса», страной, где могли преуспеть не солидные инвесторы, а различного рода международные спекулянты и авантюристы.
Подтверждением вышесказанному является то, что как только в России приступили к наведению элементарного порядка в отношении условий работы на российском рынке иностранных компаний, японский крупный капитал не пожелал оказаться обойденным на этом рынке корпорациями других стран. Позитивные изменения в российской экономике способствовали оживлению двусторонних деловых связей и прежде всего росту востребованности российского рынка японским бизнесом для наращивания сбыта своей продукции.
Качественные подвижки в инвестиционной политике Японии в России начали проявляться в 2005–2006 гг. в связи с принятыми в этот период решениями корпораций «Тойота» и «Ниссан» о строительстве крупных сборочных предприятий в Ленинградской области. За ними последовали японские автомобилестроительные компании «Судзуки», «Исудзу», «Мицубиси моторс». Заявили о своем желании создать свои предприятия в России и выпускающие дорожно-строительную технику компании «Комацу» и «Хитати».
Нестабильная ситуация на Ближнем Востоке, откуда Япония импортирует 80 % необходимой ей нефти, заставила японский крупный бизнес искать пути диверсификации источников углеводородного топлива. В связи с этим японские компании возлагают немалые надежды на сотрудничество с российским топливно-энергетическим комплексом. Были запущены нефтегазовые проекты «Сахалин-1», «Сахалин-2», рассматривались возможности инвестиционного участия в освоении якутских нефтегазовых и угольных месторождений, программах энергосбережения на предприятиях российского ТЭК, в сфере атомной энергетики.
Японские власти и бизнес заявляли о своей заинтересованности в скорейшем сооружении нефтепровода «Восточная Сибирь – Тихий океан», что позволит значительно расширить импорт российских углеводородов. В обстановке, когда не удалось подписать межправительственное соглашение о сотрудничестве в осуществлении этого проекта, велись переговоры об участии японских компаний в строительстве нефтепровода. Японские компании проявили интерес к участию в геологоразведочных и нефтегазодобывающих проектах, в особенности в Иркутской области.