На прототипах Xe-219, предсерийных Xe-219А-0 и серийных Xe-219А-2 устанавливался 12-цилиндровый инверторный V-образный двигатель DB 603A жидкостного охлаждения мощностью 1750 л.с. Предполагалось, что на серийно выпускаемых самолетах его заменят DB 603G мощностью 1900 л.с. с увеличенной степенью сжатия и высокоскоростным нагнетателем, но непоставки привели к предложению использовать в качестве временной меры двигатель DB 603E с большеразмерным нагнетателем и впрыскивателем закиси азота GM-1. Но он также оказался в дефиците, поэтому для Xe-219А-2 пришлось использовать все тот же DB603A. В конечном итоге DB 603G стали устанавливать на Не 219А-7, который оказался наиболее выпускаемым вариантом, в то время как упрощенная модель Не 219А-6, предназначенная для борьбы с «Москито», оснащалась двигателем DB 6703L мощностью 2100 л.с. с устройствами форсажа MW-50 и GM-1 и с двухступенчатым нагнетателем.
Первые серийные самолеты (двенадцать Xe-219A-2/R1) оснащались радиолокатором FuG 212 «Лихтенштейн» С-1 с четырьмя небольшими антеннами на носу. Следующие самолеты А-2 имели одну антенну для С-1 и четыре большие антенны для нового радиолокатора FuG 220 «Лихтенштейн» SN-2. На некоторых А-5 радиолокатор С-1 не устанавливался, а антенны SN-2 часто монтировались в перевернутом положении для уменьшения помех. На А-7 к «Лихтенштейн» SN-2 добавлялся новый радиолокатор FuG 218 «Нептун».
Любопытно, что истребитель Xe-219 имел более двадцати вариантов вооружения. Состав вооружения часто зависел от тех авиационных пушек, которые на тот момент предоставляла промышленность. Например, пара пушек МG-151/20, или МК-103, или МК-108. В мае 1943 г. один Xe-219 получил четыре пушки МК-103, общим весом 830 кг, в нижнем обтекателе. Если пушки МК-108 имели короткие стволы, ограничивающие эффективную дальность стрельбы, но хорошо подходили для массового производства, то МК-103 имели длинные стволы, как следствие, высокую начальную скорость снаряда и хорошую настильность траектории. Однако МК-108 была на 40 % легче, чем МК-103. В результате предсерийные Xe-219A-0 оснащались пушками обоих типов. С МК-108 истребитель назывался Xe-219A-0/R-1, а с МК-103 – Xe-219A-0/R-2. На всех Xe-219 отводилось место под две 30-мм пушки МК-108 для стрельбы назад-вниз под углом 65° на установках «Шраге музик», но реально их ставили довольно редко.
Первые Xe-219A-2/R1 поступили на вооружение I группы 1-й эскадры ночных истребителей в 1943 г. Она оставалась единственным подразделением, эксплуатировавшим самолеты данного типа вследствие замедления поставок.