Опытный агентурист Зубатов, ставший секретным сотрудником полиции в 1886 г. в возрасте 22 лет, не только известен созданием легальных рабочих организаций. Особым явлением для понимания его личности является его отставка, когда министр внутренних дел В. К. Плеве 19 августа 1903 г. вызвал к себе Зубатова и в присутствии командира ОКЖ генерал-лейтенанта В.В. фон Валя устроил ему допрос. Плеве потребовал от Зубатова рассказать о деятельности Еврейской независимой рабочей партии, обвинил его в причастности к одесской забастовке и разглашении государственной тайны. В качестве улики он зачитал перехваченное жандармами письмо Зубатова Г. И. Шаевичу, одному из лидеров наводненной полицейскими агентами Еврейской рабочей партии, в котором Зубатов критически отзывался о Плеве. После этого министр приказал Зубатову немедленно сдать свои дела и в 24 часа выехать из Петербурга. На вокзал его пришло провожать всего несколько человек, так как прошел слух, что сочувствующих Зубатову тоже уволят. В Москве за бывшим законодателем мод в политическом сыске Российской империи было установлено наружное наблюдение; ему было запрещено являться в охранное отделение, встречаться со своими бывшими сотрудниками; в ноябре он был выслан под надзор во Владимир. В последнем докладе директору Департамента полиции Зубатов писал: «Моя служба в буквальном смысле была царская, а окончилась она такою черною обидою, о какой еще не всякий в своей жизни слыхал»[12].
С момента своего образования Третье отделение, как и его предшественники и преемники, взяло на вооружение в качестве главных методов борьбы с крамолой внутреннее (агентурное) осведомление, наружное наблюдение за «злоумышленниками» и «неблагонадежными», масштабную перлюстрацию частной и деловой корреспонденции («черные кабинеты»[13]), в том числе и иностранных граждан. Эти методы успешно применялись и Департаментом полиции.
К моменту первого «царского» покушения 1866 г. механизмы борьбы с преступлениями, посягающими на государственное устройство в Российской империи, имели давние традиции, восходящие к первому российскому императору Петру I и развитые усилиями А. Х. Бенкендорфа. В практической деятельности полиции применялись самые разнообразные методы. Во времена III Отделения, а затем и в деятельности Департамента полиции и его отдельных талантливых представителей (Г. П. Судейкин, П. И. Рачковский, С. В. Зубатов), агентурная работа возводилась в организационно-методологический принцип оперативно-розыскной деятельности, и неправильное понимание этой тонкой работы с людьми отдельными офицерами сыска, нередко приводило к негативным последствиям и больно ударяло по личному составу политической полиции.