Несмотря на объявление архипелага с 1934 г. национальным парком и на то, что правительство Эквадора специальными законодательными актами поставило под защиту всех диких аборигенных животных Галапагосов, проблема охраны уникальной фауны остается очень острой. При отсутствии должного контроля местные жители вылавливают черепах на мясо и собирают яйца птиц, в селениях продают маленьких черепашек и шкуры птиц. Последних ловить не представляет никакого труда, поскольку до сих пор птицы лишены страха перед человеком. Не только пингвинов и вьюрков можно ловить у самых ног, но даже галапагосский канюк позволяет дотронуться до него рукой.
Больше всего пострадали черепахи, и над оставшимися нависла угроза. До сих пор продолжается незаконная торговля черепахами, которых контрабандой вывозят в порты США и продают зоопаркам и коллекционерам. Не меньше страдают черепахи от собак, свиней, крыс и особенно коз, которые опустошают острова.
Постановлением правительства Эквадора 1964 г. предусмотрено, что Международная биологическая станция должна рекомендовать, какие участки архипелага необходимо взять под особую охрану, и контролировать численность нежелательных животных (коз, крыс и т. п.). В постановлении запрещается развитие хозяйственной деятельности на островах, интродукция чужеземных видов животных и растений и обмен животными между островами.
К сожалению, осуществление всех этих мер чрезвычайно затруднено из-за отсутствия регулярной связи между островами и большого объема работ, особенно по истреблению одичавших коз, а также крыс и других нежелательных вселенцев.
Научные работники биологической станции им. Чарлза Дарвина проводят большую просветительную работу с местными жителями, возлагая большие надежды на то, что население окажет неоценимую помощь в охране неповторимой природы Галапагосов.
На Галапагосских островах, в отличие от других национальных парков, не ждут туристов, но поток ученых со всего света на «Зачарованные острова» не прекращается.